R version 2.9.0 (2009-04-17) Copyright (C) 2009 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. 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Holliday > #To cite this work: Ian E. Holliday, 2009, YOUR SOFTWARE TITLE (vNUMBER) in Free Statistics Software (v$_version), Office for Research Development and Education, URL http://www.wessa.net/rwasp_YOURPAGE.wasp/ > #Source of accompanying publication: > #Technical description: > library(party) Loading required package: survival Loading required package: splines Loading required package: grid Loading required package: modeltools Loading required package: stats4 Loading required package: coin Loading required package: mvtnorm Loading required package: zoo Attaching package: 'zoo' The following object(s) are masked from package:base : as.Date.numeric Loading required package: sandwich Loading required package: strucchange Loading required package: vcd Loading required package: MASS Loading required package: colorspace > library(Hmisc) Attaching package: 'Hmisc' The following object(s) are masked from package:survival : untangle.specials The following object(s) are masked from package:base : format.pval, round.POSIXt, trunc.POSIXt, units > par1 <- as.numeric(par1) > par3 <- as.numeric(par3) > x <- data.frame(t(y)) > is.data.frame(x) [1] TRUE > x <- x[!is.na(x[,par1]),] > k <- length(x[1,]) > n <- length(x[,1]) > colnames(x)[par1] [1] "Popularity" > x[,par1] [1] 15 12 15 12 14 8 11 4 13 19 10 15 6 7 14 16 16 14 15 14 12 9 12 14 14 [26] 10 16 10 8 12 8 13 11 12 16 16 13 14 5 14 13 15 11 15 16 13 11 12 12 10 [51] 8 9 12 14 12 11 14 7 16 11 16 13 11 13 14 10 15 11 6 11 12 12 8 9 10 [76] 16 15 14 12 12 12 8 16 11 12 9 14 15 8 12 10 16 8 9 8 11 16 5 15 15 [101] 12 12 16 12 10 12 11 16 7 9 11 6 14 11 11 16 7 8 10 14 9 13 13 12 11 [126] 10 12 14 11 13 14 13 16 13 9 14 15 > if (par2 == 'kmeans') { + cl <- kmeans(x[,par1], par3) + print(cl) + clm <- matrix(cbind(cl$centers,1:par3),ncol=2) + clm <- clm[sort.list(clm[,1]),] + for (i in 1:par3) { + cl$cluster[cl$cluster==clm[i,2]] <- paste('C',i,sep='') + } + cl$cluster <- as.factor(cl$cluster) + print(cl$cluster) + x[,par1] <- cl$cluster + } > if (par2 == 'quantiles') { + x[,par1] <- cut2(x[,par1],g=par3) + } > if (par2 == 'hclust') { + hc <- hclust(dist(x[,par1])^2, 'cen') + print(hc) + memb <- cutree(hc, k = par3) + dum <- c(mean(x[memb==1,par1])) + for (i in 2:par3) { + dum <- c(dum, mean(x[memb==i,par1])) + } + hcm <- matrix(cbind(dum,1:par3),ncol=2) + hcm <- hcm[sort.list(hcm[,1]),] + for (i in 1:par3) { + memb[memb==hcm[i,2]] <- paste('C',i,sep='') + } + memb <- as.factor(memb) + print(memb) + x[,par1] <- memb + } > if (par2=='equal') { + ed <- cut(as.numeric(x[,par1]),par3,labels=paste('C',1:par3,sep='')) + x[,par1] <- as.factor(ed) + } > table(x[,par1]) 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 19 1 2 3 4 10 8 10 17 23 12 18 12 16 1 > colnames(x) [1] "Happiness" "Depression" "Belonging" [4] "BelongingFinal" "Popularity" "KnowingPeople" [7] "Liked" "Celebrity" "ConcernOverMistakes" [10] "ParentalExpectations" "ParentalCriticism" "PersonalStandards" [13] "Organization" "Gender" > colnames(x)[par1] [1] "Popularity" > x[,par1] [1] 15 12 15 12 14 8 11 4 13 19 10 15 6 7 14 16 16 14 15 14 12 9 12 14 14 [26] 10 16 10 8 12 8 13 11 12 16 16 13 14 5 14 13 15 11 15 16 13 11 12 12 10 [51] 8 9 12 14 12 11 14 7 16 11 16 13 11 13 14 10 15 11 6 11 12 12 8 9 10 [76] 16 15 14 12 12 12 8 16 11 12 9 14 15 8 12 10 16 8 9 8 11 16 5 15 15 [101] 12 12 16 12 10 12 11 16 7 9 11 6 14 11 11 16 7 8 10 14 9 13 13 12 11 [126] 10 12 14 11 13 14 13 16 13 9 14 15 > if (par2 == 'none') { + m <- ctree(as.formula(paste(colnames(x)[par1],' ~ .',sep='')),data = x) + } > > #Note: the /var/www/html/rcomp/createtable file can be downloaded at http://www.wessa.net/cretab > load(file="/var/www/html/rcomp/createtable") > > if (par2 != 'none') { + m <- ctree(as.formula(paste('as.factor(',colnames(x)[par1],') ~ .',sep='')),data = x) + if (par4=='yes') { + a<-table.start() + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'10-Fold Cross Validation',3+2*par3,TRUE) + a<-table.row.end(a) + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'',1,TRUE) + a<-table.element(a,'Prediction (training)',par3+1,TRUE) + a<-table.element(a,'Prediction (testing)',par3+1,TRUE) + a<-table.row.end(a) + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'Actual',1,TRUE) + for (jjj in 1:par3) a<-table.element(a,paste('C',jjj,sep=''),1,TRUE) + a<-table.element(a,'CV',1,TRUE) + for (jjj in 1:par3) a<-table.element(a,paste('C',jjj,sep=''),1,TRUE) + a<-table.element(a,'CV',1,TRUE) + a<-table.row.end(a) + for (i in 1:10) { + ind <- sample(2, nrow(x), replace=T, prob=c(0.9,0.1)) + m.ct <- ctree(as.formula(paste('as.factor(',colnames(x)[par1],') ~ .',sep='')),data =x[ind==1,]) + if (i==1) { + m.ct.i.pred <- predict(m.ct, newdata=x[ind==1,]) + m.ct.i.actu <- x[ind==1,par1] + m.ct.x.pred <- predict(m.ct, newdata=x[ind==2,]) + m.ct.x.actu <- x[ind==2,par1] + } else { + m.ct.i.pred <- c(m.ct.i.pred,predict(m.ct, newdata=x[ind==1,])) + m.ct.i.actu <- c(m.ct.i.actu,x[ind==1,par1]) + m.ct.x.pred <- c(m.ct.x.pred,predict(m.ct, newdata=x[ind==2,])) + m.ct.x.actu <- c(m.ct.x.actu,x[ind==2,par1]) + } + } + print(m.ct.i.tab <- table(m.ct.i.actu,m.ct.i.pred)) + numer <- 0 + for (i in 1:par3) { + print(m.ct.i.tab[i,i] / sum(m.ct.i.tab[i,])) + numer <- numer + m.ct.i.tab[i,i] + } + print(m.ct.i.cp <- numer / sum(m.ct.i.tab)) + print(m.ct.x.tab <- table(m.ct.x.actu,m.ct.x.pred)) + numer <- 0 + for (i in 1:par3) { + print(m.ct.x.tab[i,i] / sum(m.ct.x.tab[i,])) + numer <- numer + m.ct.x.tab[i,i] + } + print(m.ct.x.cp <- numer / sum(m.ct.x.tab)) + for (i in 1:par3) { + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,paste('C',i,sep=''),1,TRUE) + for (jjj in 1:par3) a<-table.element(a,m.ct.i.tab[i,jjj]) + a<-table.element(a,round(m.ct.i.tab[i,i]/sum(m.ct.i.tab[i,]),4)) + for (jjj in 1:par3) a<-table.element(a,m.ct.x.tab[i,jjj]) + a<-table.element(a,round(m.ct.x.tab[i,i]/sum(m.ct.x.tab[i,]),4)) + a<-table.row.end(a) + } + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'Overall',1,TRUE) + for (jjj in 1:par3) a<-table.element(a,'-') + a<-table.element(a,round(m.ct.i.cp,4)) + for (jjj in 1:par3) a<-table.element(a,'-') + a<-table.element(a,round(m.ct.x.cp,4)) + a<-table.row.end(a) + a<-table.end(a) + table.save(a,file="/var/www/html/rcomp/tmp/10btx1292181287.tab") + } + } > m Conditional inference tree with 4 terminal nodes Response: Popularity Inputs: Happiness, Depression, Belonging, BelongingFinal, KnowingPeople, Liked, Celebrity, ConcernOverMistakes, ParentalExpectations, ParentalCriticism, PersonalStandards, Organization, Gender Number of observations: 137 1) Celebrity <= 4; criterion = 1, statistic = 57.574 2)* weights = 44 1) Celebrity > 4 3) KnowingPeople <= 11; criterion = 1, statistic = 24.211 4)* weights = 24 3) KnowingPeople > 11 5) Celebrity <= 5; criterion = 0.983, statistic = 10.289 6)* weights = 16 5) Celebrity > 5 7)* weights = 53 > postscript(file="/var/www/html/rcomp/tmp/20btx1292181287.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) > plot(m) > dev.off() null device 1 > postscript(file="/var/www/html/rcomp/tmp/30btx1292181287.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) > plot(x[,par1] ~ as.factor(where(m)),main='Response by Terminal Node',xlab='Terminal Node',ylab='Response') > dev.off() null device 1 > if (par2 == 'none') { + forec <- predict(m) + result <- as.data.frame(cbind(x[,par1],forec,x[,par1]-forec)) + colnames(result) <- c('Actuals','Forecasts','Residuals') + print(result) + } Actuals Forecasts Residuals 1 15 14.113208 0.8867925 2 12 9.568182 2.4318182 3 15 14.113208 0.8867925 4 12 11.208333 0.7916667 5 14 12.500000 1.5000000 6 8 9.568182 -1.5681818 7 11 12.500000 -1.5000000 8 4 9.568182 -5.5681818 9 13 11.208333 1.7916667 10 19 14.113208 4.8867925 11 10 11.208333 -1.2083333 12 15 14.113208 0.8867925 13 6 14.113208 -8.1132075 14 7 9.568182 -2.5681818 15 14 14.113208 -0.1132075 16 16 14.113208 1.8867925 17 16 14.113208 1.8867925 18 14 11.208333 2.7916667 19 15 14.113208 0.8867925 20 14 14.113208 -0.1132075 21 12 9.568182 2.4318182 22 9 9.568182 -0.5681818 23 12 9.568182 2.4318182 24 14 14.113208 -0.1132075 25 14 11.208333 2.7916667 26 10 11.208333 -1.2083333 27 16 14.113208 1.8867925 28 10 9.568182 0.4318182 29 8 9.568182 -1.5681818 30 12 11.208333 0.7916667 31 8 9.568182 -1.5681818 32 13 14.113208 -1.1132075 33 11 9.568182 1.4318182 34 12 9.568182 2.4318182 35 16 14.113208 1.8867925 36 16 14.113208 1.8867925 37 13 14.113208 -1.1132075 38 14 14.113208 -0.1132075 39 5 9.568182 -4.5681818 40 14 14.113208 -0.1132075 41 13 9.568182 3.4318182 42 15 14.113208 0.8867925 43 11 12.500000 -1.5000000 44 15 14.113208 0.8867925 45 16 14.113208 1.8867925 46 13 12.500000 0.5000000 47 11 14.113208 -3.1132075 48 12 14.113208 -2.1132075 49 12 11.208333 0.7916667 50 10 14.113208 -4.1132075 51 8 11.208333 -3.2083333 52 9 9.568182 -0.5681818 53 12 12.500000 -0.5000000 54 14 14.113208 -0.1132075 55 12 14.113208 -2.1132075 56 11 9.568182 1.4318182 57 14 14.113208 -0.1132075 58 7 9.568182 -2.5681818 59 16 14.113208 1.8867925 60 11 11.208333 -0.2083333 61 16 14.113208 1.8867925 62 13 11.208333 1.7916667 63 11 11.208333 -0.2083333 64 13 14.113208 -1.1132075 65 14 14.113208 -0.1132075 66 10 11.208333 -1.2083333 67 15 14.113208 0.8867925 68 11 11.208333 -0.2083333 69 6 9.568182 -3.5681818 70 11 9.568182 1.4318182 71 12 9.568182 2.4318182 72 12 11.208333 0.7916667 73 8 11.208333 -3.2083333 74 9 9.568182 -0.5681818 75 10 9.568182 0.4318182 76 16 14.113208 1.8867925 77 15 12.500000 2.5000000 78 14 14.113208 -0.1132075 79 12 14.113208 -2.1132075 80 12 11.208333 0.7916667 81 12 9.568182 2.4318182 82 8 9.568182 -1.5681818 83 16 14.113208 1.8867925 84 11 9.568182 1.4318182 85 12 9.568182 2.4318182 86 9 12.500000 -3.5000000 87 14 12.500000 1.5000000 88 15 14.113208 0.8867925 89 8 9.568182 -1.5681818 90 12 12.500000 -0.5000000 91 10 11.208333 -1.2083333 92 16 14.113208 1.8867925 93 8 9.568182 -1.5681818 94 9 11.208333 -2.2083333 95 8 9.568182 -1.5681818 96 11 11.208333 -0.2083333 97 16 14.113208 1.8867925 98 5 9.568182 -4.5681818 99 15 12.500000 2.5000000 100 15 14.113208 0.8867925 101 12 12.500000 -0.5000000 102 12 14.113208 -2.1132075 103 16 14.113208 1.8867925 104 12 14.113208 -2.1132075 105 10 11.208333 -1.2083333 106 12 11.208333 0.7916667 107 11 14.113208 -3.1132075 108 16 14.113208 1.8867925 109 7 9.568182 -2.5681818 110 9 9.568182 -0.5681818 111 11 9.568182 1.4318182 112 6 9.568182 -3.5681818 113 14 14.113208 -0.1132075 114 11 11.208333 -0.2083333 115 11 9.568182 1.4318182 116 16 9.568182 6.4318182 117 7 9.568182 -2.5681818 118 8 9.568182 -1.5681818 119 10 9.568182 0.4318182 120 14 12.500000 1.5000000 121 9 9.568182 -0.5681818 122 13 14.113208 -1.1132075 123 13 9.568182 3.4318182 124 12 12.500000 -0.5000000 125 11 12.500000 -1.5000000 126 10 14.113208 -4.1132075 127 12 12.500000 -0.5000000 128 14 14.113208 -0.1132075 129 11 14.113208 -3.1132075 130 13 9.568182 3.4318182 131 14 14.113208 -0.1132075 132 13 12.500000 0.5000000 133 16 14.113208 1.8867925 134 13 11.208333 1.7916667 135 9 9.568182 -0.5681818 136 14 9.568182 4.4318182 137 15 14.113208 0.8867925 > if (par2 != 'none') { + print(cbind(as.factor(x[,par1]),predict(m))) + myt <- table(as.factor(x[,par1]),predict(m)) + print(myt) + } > postscript(file="/var/www/html/rcomp/tmp/4sksi1292181287.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) > if(par2=='none') { + op <- par(mfrow=c(2,2)) + plot(density(result$Actuals),main='Kernel Density Plot of Actuals') + plot(density(result$Residuals),main='Kernel Density Plot of Residuals') + plot(result$Forecasts,result$Actuals,main='Actuals versus Predictions',xlab='Predictions',ylab='Actuals') + plot(density(result$Forecasts),main='Kernel Density Plot of Predictions') + par(op) + } > if(par2!='none') { + plot(myt,main='Confusion Matrix',xlab='Actual',ylab='Predicted') + } > dev.off() null device 1 > if (par2 == 'none') { + detcoef <- cor(result$Forecasts,result$Actuals) + a<-table.start() + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'Goodness of Fit',2,TRUE) + a<-table.row.end(a) + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'Correlation',1,TRUE) + a<-table.element(a,round(detcoef,4)) + a<-table.row.end(a) + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'R-squared',1,TRUE) + a<-table.element(a,round(detcoef*detcoef,4)) + a<-table.row.end(a) + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'RMSE',1,TRUE) + a<-table.element(a,round(sqrt(mean((result$Residuals)^2)),4)) + a<-table.row.end(a) + a<-table.end(a) + table.save(a,file="/var/www/html/rcomp/tmp/57c8r1292181287.tab") + a<-table.start() + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'Actuals, Predictions, and Residuals',4,TRUE) + a<-table.row.end(a) + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'#',header=TRUE) + a<-table.element(a,'Actuals',header=TRUE) + a<-table.element(a,'Forecasts',header=TRUE) + a<-table.element(a,'Residuals',header=TRUE) + a<-table.row.end(a) + for (i in 1:length(result$Actuals)) { + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,i,header=TRUE) + a<-table.element(a,result$Actuals[i]) + a<-table.element(a,result$Forecasts[i]) + a<-table.element(a,result$Residuals[i]) + a<-table.row.end(a) + } + a<-table.end(a) + table.save(a,file="/var/www/html/rcomp/tmp/6z37u1292181287.tab") + } > if (par2 != 'none') { + a<-table.start() + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'Confusion Matrix (predicted in columns / actuals in rows)',par3+1,TRUE) + a<-table.row.end(a) + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'',1,TRUE) + for (i in 1:par3) { + a<-table.element(a,paste('C',i,sep=''),1,TRUE) + } + a<-table.row.end(a) + for (i in 1:par3) { + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,paste('C',i,sep=''),1,TRUE) + for (j in 1:par3) { + a<-table.element(a,myt[i,j]) + } + a<-table.row.end(a) + } + a<-table.end(a) + table.save(a,file="/var/www/html/rcomp/tmp/73mo01292181287.tab") + } > > try(system("convert tmp/20btx1292181287.ps tmp/20btx1292181287.png",intern=TRUE)) character(0) > try(system("convert tmp/30btx1292181287.ps tmp/30btx1292181287.png",intern=TRUE)) character(0) > try(system("convert tmp/4sksi1292181287.ps tmp/4sksi1292181287.png",intern=TRUE)) character(0) > > > proc.time() user system elapsed 3.235 0.611 6.928