R version 2.9.0 (2009-04-17) Copyright (C) 2009 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. > x <- array(list(46 + ,11 + ,52 + ,26 + ,23 + ,44 + ,8 + ,39 + ,25 + ,15 + ,42 + ,10 + ,42 + ,28 + ,25 + ,41 + ,12 + ,35 + ,30 + ,18 + ,48 + ,12 + ,32 + ,28 + ,21 + ,49 + ,10 + ,49 + ,40 + ,19 + ,51 + ,8 + ,33 + ,28 + ,15 + ,47 + ,10 + ,47 + ,27 + ,22 + ,49 + ,11 + ,46 + ,25 + ,19 + ,46 + ,7 + ,40 + ,27 + ,20 + ,51 + ,10 + ,33 + ,32 + ,26 + ,54 + ,9 + ,39 + ,28 + ,26 + ,52 + ,9 + ,37 + ,21 + ,21 + ,52 + ,11 + ,56 + ,40 + ,18 + ,45 + ,12 + ,36 + ,29 + ,19 + ,52 + ,5 + ,24 + ,27 + ,19 + ,56 + ,10 + ,56 + ,31 + ,18 + ,54 + ,11 + ,32 + ,33 + ,19 + ,50 + ,12 + ,41 + ,28 + ,24 + ,35 + ,9 + ,24 + ,26 + ,28 + ,48 + ,3 + ,42 + ,25 + ,20 + ,37 + ,10 + ,47 + ,37 + ,27 + ,47 + ,7 + ,25 + ,13 + ,18 + ,31 + ,9 + ,33 + ,32 + ,19 + ,45 + ,9 + ,43 + ,32 + ,24 + ,47 + ,10 + ,45 + ,38 + ,21 + ,44 + ,9 + ,44 + ,30 + ,22 + ,30 + ,19 + ,46 + ,33 + ,25 + ,40 + ,14 + ,31 + ,22 + ,19 + ,44 + ,5 + ,31 + ,29 + ,15 + ,43 + ,13 + ,42 + ,33 + ,34 + ,51 + ,7 + ,28 + ,31 + ,23 + ,48 + ,8 + ,38 + ,23 + ,19 + ,55 + ,11 + ,59 + ,42 + ,26 + ,48 + ,11 + ,43 + ,35 + ,15 + ,53 + ,12 + ,29 + ,31 + ,15 + ,49 + ,9 + ,38 + ,31 + ,17 + ,44 + ,13 + ,39 + ,38 + ,30 + ,45 + ,12 + ,50 + ,34 + ,19 + ,40 + ,11 + ,44 + ,33 + ,28 + ,44 + ,18 + ,29 + ,23 + ,23 + ,41 + ,8 + ,29 + ,18 + ,23 + ,46 + ,14 + ,36 + ,33 + ,21 + ,47 + ,10 + ,43 + ,26 + ,18 + ,48 + ,13 + ,28 + ,29 + ,19 + ,43 + ,13 + ,39 + ,23 + ,24 + ,46 + ,8 + ,35 + ,18 + ,15 + ,53 + ,10 + ,43 + ,36 + ,20 + ,33 + ,8 + ,28 + ,21 + ,24 + ,47 + ,9 + ,49 + ,31 + ,9 + ,43 + ,10 + ,33 + ,31 + ,20 + ,45 + ,9 + ,39 + ,29 + ,20 + ,49 + ,9 + ,36 + ,24 + ,10 + ,45 + ,9 + ,24 + ,35 + ,44 + ,37 + ,10 + ,47 + ,37 + ,20 + ,42 + ,8 + ,34 + ,29 + ,20 + ,43 + ,11 + ,33 + ,31 + ,11 + ,44 + ,11 + ,43 + ,34 + ,21 + ,39 + ,10 + ,41 + ,38 + ,21 + ,37 + ,23 + ,40 + ,27 + ,19 + ,53 + ,9 + ,39 + ,33 + ,17 + ,48 + ,12 + ,54 + ,36 + ,16 + ,47 + ,9 + ,43 + ,27 + ,14 + ,49 + ,9 + ,45 + ,33 + ,19 + ,47 + ,8 + ,29 + ,24 + ,21 + ,56 + ,9 + ,45 + ,31 + ,16 + ,51 + ,9 + ,47 + ,31 + ,19 + ,43 + ,9 + ,38 + ,23 + ,19 + ,51 + ,11 + ,52 + ,38 + ,16 + ,36 + ,12 + ,34 + ,30 + ,24 + ,55 + ,8 + ,56 + ,39 + ,29 + ,33 + ,9 + ,26 + ,28 + ,21 + ,42 + ,10 + ,42 + ,39 + ,20 + ,43 + ,8 + ,32 + ,19 + ,23 + ,44 + ,9 + ,39 + ,32 + ,18 + ,47 + ,9 + ,37 + ,32 + ,19 + ,43 + ,13 + ,37 + ,35 + ,23 + ,47 + ,11 + ,52 + ,42 + ,19 + ,41 + ,18 + ,31 + ,25 + ,21 + ,53 + ,10 + ,34 + ,11 + ,26 + ,47 + ,14 + ,38 + ,31 + ,13 + ,23 + ,7 + ,29 + ,30 + ,23 + ,43 + ,10 + ,52 + ,30 + ,17 + ,47 + ,9 + ,40 + ,31 + ,30 + ,47 + ,9 + ,47 + ,28 + ,19 + ,49 + ,12 + ,34 + ,34 + ,22 + ,50 + ,8 + ,37 + ,32 + ,14 + ,43 + ,9 + ,43 + ,30 + ,14 + ,44 + ,8 + ,37 + ,27 + ,21 + ,49 + ,13 + ,55 + ,36 + ,21 + ,47 + ,6 + ,36 + ,32 + ,33 + ,39 + ,11 + ,28 + ,27 + ,23 + ,49 + ,10 + ,47 + ,35 + ,30 + ,41 + ,10 + ,38 + ,34 + ,19 + ,40 + ,14 + ,37 + ,32 + ,21 + ,38 + ,13 + ,32 + ,28 + ,25 + ,43 + ,10 + ,47 + ,29 + ,18 + ,55 + ,8 + ,40 + ,18 + ,25 + ,46 + ,10 + ,45 + ,34 + ,21 + ,54 + ,8 + ,37 + ,35 + ,16 + ,47 + ,10 + ,38 + ,34 + ,17 + ,35 + ,7 + ,37 + ,26 + ,23 + ,41 + ,11 + ,35 + ,30 + ,26 + ,53 + ,10 + ,50 + ,35 + ,18 + ,44 + ,8 + ,32 + ,17 + ,19 + ,48 + ,12 + ,32 + ,34 + ,28 + ,49 + ,12 + ,38 + ,30 + ,20 + ,39 + ,11 + ,31 + ,31 + ,29 + ,45 + ,11 + ,27 + ,25 + ,19 + ,34 + ,6 + ,34 + ,16 + ,18 + ,46 + ,14 + ,43 + ,35 + ,24 + ,45 + ,9 + ,28 + ,28 + ,12 + ,53 + ,11 + ,44 + ,42 + ,19 + ,51 + ,10 + ,43 + ,30 + ,25 + ,45 + ,10 + ,53 + ,37 + ,12 + ,50 + ,8 + ,33 + ,26 + ,15 + ,41 + ,9 + ,36 + ,28 + ,25 + ,44 + ,10 + ,46 + ,33 + ,14 + ,43 + ,10 + ,36 + ,29 + ,19 + ,42 + ,12 + ,24 + ,21 + ,23 + ,48 + ,10 + ,50 + ,38 + ,19 + ,45 + ,11 + ,40 + ,18 + ,24 + ,48 + ,16 + ,40 + ,38 + ,20 + ,48 + ,12 + ,32 + ,30 + ,16 + ,53 + ,10 + ,49 + ,35 + ,13 + ,45 + ,13 + ,47 + ,34 + ,20 + ,45 + ,8 + ,28 + ,21 + ,30 + ,50 + ,12 + ,41 + ,30 + ,18 + ,48 + ,10 + ,25 + ,32 + ,22 + ,41 + ,8 + ,46 + ,23 + ,21 + ,53 + ,14 + ,53 + ,31 + ,25 + ,40 + ,9 + ,34 + ,26 + ,18 + ,49 + ,12 + ,40 + ,29 + ,25 + ,46 + ,10 + ,46 + ,28 + ,44 + ,48 + ,9 + ,38 + ,29 + ,12 + ,43 + ,10 + ,51 + ,36 + ,17 + ,53 + ,11 + ,38 + ,36 + ,26 + ,51 + ,11 + ,45 + ,31 + ,18 + ,41 + ,10 + ,41 + ,30 + ,21 + ,45 + ,10 + ,42 + ,29 + ,24 + ,44 + ,20 + ,36 + ,35 + ,20 + ,43 + ,10 + ,41 + ,26 + ,24 + ,34 + ,8 + ,35 + ,25 + ,28 + ,38 + ,8 + ,42 + ,25 + ,20 + ,40 + ,9 + ,35 + ,20 + ,33 + ,48 + ,18 + ,32 + ,27 + ,19) + ,dim=c(5 + ,146) + ,dimnames=list(c('Carrieremogelijkheden' + ,'Geen_Motivatie' + ,'Leermogelijkheden' + ,'Persoonlijke_redenen' + ,'Ouders') + ,1:146)) > y <- array(NA,dim=c(5,146),dimnames=list(c('Carrieremogelijkheden','Geen_Motivatie','Leermogelijkheden','Persoonlijke_redenen','Ouders'),1:146)) > for (i in 1:dim(x)[1]) + { + for (j in 1:dim(x)[2]) + { + y[i,j] <- as.numeric(x[i,j]) + } + } > par4 = 'yes' > par3 = '3' > par2 = 'quantiles' > par1 = '2' > #'GNU S' R Code compiled by R2WASP v. 1.0.44 () > #Author: Dr. Ian E. Holliday > #To cite this work: Ian E. Holliday, 2009, YOUR SOFTWARE TITLE (vNUMBER) in Free Statistics Software (v$_version), Office for Research Development and Education, URL http://www.wessa.net/rwasp_YOURPAGE.wasp/ > #Source of accompanying publication: > #Technical description: > library(party) Loading required package: survival Loading required package: splines Loading required package: grid Loading required package: modeltools Loading required package: stats4 Loading required package: coin Loading required package: mvtnorm Loading required package: zoo Attaching package: 'zoo' The following object(s) are masked from package:base : as.Date.numeric Loading required package: sandwich Loading required package: strucchange Loading required package: vcd Loading required package: MASS Loading required package: colorspace > library(Hmisc) Attaching package: 'Hmisc' The following object(s) are masked from package:survival : untangle.specials The following object(s) are masked from package:base : format.pval, round.POSIXt, trunc.POSIXt, units > par1 <- as.numeric(par1) > par3 <- as.numeric(par3) > x <- data.frame(t(y)) > is.data.frame(x) [1] TRUE > x <- x[!is.na(x[,par1]),] > k <- length(x[1,]) > n <- length(x[,1]) > colnames(x)[par1] [1] "Geen_Motivatie" > x[,par1] [1] 11 8 10 12 12 10 8 10 11 7 10 9 9 11 12 5 10 11 12 9 3 10 7 9 9 [26] 10 9 19 14 5 13 7 8 11 11 12 9 13 12 11 18 8 14 10 13 13 8 10 8 9 [51] 10 9 9 9 10 8 11 11 10 23 9 12 9 9 8 9 9 9 11 12 8 9 10 8 9 [76] 9 13 11 18 10 14 7 10 9 9 12 8 9 8 13 6 11 10 10 14 13 10 8 10 8 [101] 10 7 11 10 8 12 12 11 11 6 14 9 11 10 10 8 9 10 10 12 10 11 16 12 10 [126] 13 8 12 10 8 14 9 12 10 9 10 11 11 10 10 20 10 8 8 9 18 > if (par2 == 'kmeans') { + cl <- kmeans(x[,par1], par3) + print(cl) + clm <- matrix(cbind(cl$centers,1:par3),ncol=2) + clm <- clm[sort.list(clm[,1]),] + for (i in 1:par3) { + cl$cluster[cl$cluster==clm[i,2]] <- paste('C',i,sep='') + } + cl$cluster <- as.factor(cl$cluster) + print(cl$cluster) + x[,par1] <- cl$cluster + } > if (par2 == 'quantiles') { + x[,par1] <- cut2(x[,par1],g=par3) + } > if (par2 == 'hclust') { + hc <- hclust(dist(x[,par1])^2, 'cen') + print(hc) + memb <- cutree(hc, k = par3) + dum <- c(mean(x[memb==1,par1])) + for (i in 2:par3) { + dum <- c(dum, mean(x[memb==i,par1])) + } + hcm <- matrix(cbind(dum,1:par3),ncol=2) + hcm <- hcm[sort.list(hcm[,1]),] + for (i in 1:par3) { + memb[memb==hcm[i,2]] <- paste('C',i,sep='') + } + memb <- as.factor(memb) + print(memb) + x[,par1] <- memb + } > if (par2=='equal') { + ed <- cut(as.numeric(x[,par1]),par3,labels=paste('C',1:par3,sep='')) + x[,par1] <- as.factor(ed) + } > table(x[,par1]) [ 3,10) [10,12) [12,23] 58 52 36 > colnames(x) [1] "Carrieremogelijkheden" "Geen_Motivatie" "Leermogelijkheden" [4] "Persoonlijke_redenen" "Ouders" > colnames(x)[par1] [1] "Geen_Motivatie" > x[,par1] [1] [10,12) [ 3,10) [10,12) [12,23] [12,23] [10,12) [ 3,10) [10,12) [10,12) [10] [ 3,10) [10,12) [ 3,10) [ 3,10) [10,12) [12,23] [ 3,10) [10,12) [10,12) [19] [12,23] [ 3,10) [ 3,10) [10,12) [ 3,10) [ 3,10) [ 3,10) [10,12) [ 3,10) [28] [12,23] [12,23] [ 3,10) [12,23] [ 3,10) [ 3,10) [10,12) [10,12) [12,23] [37] [ 3,10) [12,23] [12,23] [10,12) [12,23] [ 3,10) [12,23] [10,12) [12,23] [46] [12,23] [ 3,10) [10,12) [ 3,10) [ 3,10) [10,12) [ 3,10) [ 3,10) [ 3,10) [55] [10,12) [ 3,10) [10,12) [10,12) [10,12) [12,23] [ 3,10) [12,23] [ 3,10) [64] [ 3,10) [ 3,10) [ 3,10) [ 3,10) [ 3,10) [10,12) [12,23] [ 3,10) [ 3,10) [73] [10,12) [ 3,10) [ 3,10) [ 3,10) [12,23] [10,12) [12,23] [10,12) [12,23] [82] [ 3,10) [10,12) [ 3,10) [ 3,10) [12,23] [ 3,10) [ 3,10) [ 3,10) [12,23] [91] [ 3,10) [10,12) [10,12) [10,12) [12,23] [12,23] [10,12) [ 3,10) [10,12) [100] [ 3,10) [10,12) [ 3,10) [10,12) [10,12) [ 3,10) [12,23] [12,23] [10,12) [109] [10,12) [ 3,10) [12,23] [ 3,10) [10,12) [10,12) [10,12) [ 3,10) [ 3,10) [118] [10,12) [10,12) [12,23] [10,12) [10,12) [12,23] [12,23] [10,12) [12,23] [127] [ 3,10) [12,23] [10,12) [ 3,10) [12,23] [ 3,10) [12,23] [10,12) [ 3,10) [136] [10,12) [10,12) [10,12) [10,12) [10,12) [12,23] [10,12) [ 3,10) [ 3,10) [145] [ 3,10) [12,23] Levels: [ 3,10) [10,12) [12,23] > if (par2 == 'none') { + m <- ctree(as.formula(paste(colnames(x)[par1],' ~ .',sep='')),data = x) + } > > #Note: the /var/www/html/rcomp/createtable file can be downloaded at http://www.wessa.net/cretab > load(file="/var/www/html/rcomp/createtable") > > if (par2 != 'none') { + m <- ctree(as.formula(paste('as.factor(',colnames(x)[par1],') ~ .',sep='')),data = x) + if (par4=='yes') { + a<-table.start() + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'10-Fold Cross Validation',3+2*par3,TRUE) + a<-table.row.end(a) + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'',1,TRUE) + a<-table.element(a,'Prediction (training)',par3+1,TRUE) + a<-table.element(a,'Prediction (testing)',par3+1,TRUE) + a<-table.row.end(a) + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'Actual',1,TRUE) + for (jjj in 1:par3) a<-table.element(a,paste('C',jjj,sep=''),1,TRUE) + a<-table.element(a,'CV',1,TRUE) + for (jjj in 1:par3) a<-table.element(a,paste('C',jjj,sep=''),1,TRUE) + a<-table.element(a,'CV',1,TRUE) + a<-table.row.end(a) + for (i in 1:10) { + ind <- sample(2, nrow(x), replace=T, prob=c(0.9,0.1)) + m.ct <- ctree(as.formula(paste('as.factor(',colnames(x)[par1],') ~ .',sep='')),data =x[ind==1,]) + if (i==1) { + m.ct.i.pred <- predict(m.ct, newdata=x[ind==1,]) + m.ct.i.actu <- x[ind==1,par1] + m.ct.x.pred <- predict(m.ct, newdata=x[ind==2,]) + m.ct.x.actu <- x[ind==2,par1] + } else { + m.ct.i.pred <- c(m.ct.i.pred,predict(m.ct, newdata=x[ind==1,])) + m.ct.i.actu <- c(m.ct.i.actu,x[ind==1,par1]) + m.ct.x.pred <- c(m.ct.x.pred,predict(m.ct, newdata=x[ind==2,])) + m.ct.x.actu <- c(m.ct.x.actu,x[ind==2,par1]) + } + } + print(m.ct.i.tab <- table(m.ct.i.actu,m.ct.i.pred)) + numer <- 0 + for (i in 1:par3) { + print(m.ct.i.tab[i,i] / sum(m.ct.i.tab[i,])) + numer <- numer + m.ct.i.tab[i,i] + } + print(m.ct.i.cp <- numer / sum(m.ct.i.tab)) + print(m.ct.x.tab <- table(m.ct.x.actu,m.ct.x.pred)) + numer <- 0 + for (i in 1:par3) { + print(m.ct.x.tab[i,i] / sum(m.ct.x.tab[i,])) + numer <- numer + m.ct.x.tab[i,i] + } + print(m.ct.x.cp <- numer / sum(m.ct.x.tab)) + for (i in 1:par3) { + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,paste('C',i,sep=''),1,TRUE) + for (jjj in 1:par3) a<-table.element(a,m.ct.i.tab[i,jjj]) + a<-table.element(a,round(m.ct.i.tab[i,i]/sum(m.ct.i.tab[i,]),4)) + for (jjj in 1:par3) a<-table.element(a,m.ct.x.tab[i,jjj]) + a<-table.element(a,round(m.ct.x.tab[i,i]/sum(m.ct.x.tab[i,]),4)) + a<-table.row.end(a) + } + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,'Overall',1,TRUE) + for (jjj in 1:par3) a<-table.element(a,'-') + a<-table.element(a,round(m.ct.i.cp,4)) + for (jjj in 1:par3) a<-table.element(a,'-') + a<-table.element(a,round(m.ct.x.cp,4)) + a<-table.row.end(a) + a<-table.end(a) + table.save(a,file="/var/www/html/rcomp/tmp/1kwer1292929348.tab") + } + } m.ct.i.pred m.ct.i.actu 1 2 1 473 52 2 218 250 3 203 114 [1] 0.9009524 [1] 0.534188 Error in print(m.ct.i.tab[i, i]/sum(m.ct.i.tab[i, ])) : subscript out of bounds Execution halted