R version 2.13.0 (2011-04-13)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> x <- array(list(41
+ ,38
+ ,14
+ ,12
+ ,39
+ ,32
+ ,18
+ ,11
+ ,30
+ ,35
+ ,11
+ ,14
+ ,31
+ ,33
+ ,12
+ ,12
+ ,34
+ ,37
+ ,16
+ ,21
+ ,35
+ ,29
+ ,18
+ ,12
+ ,39
+ ,31
+ ,14
+ ,22
+ ,34
+ ,36
+ ,14
+ ,11
+ ,36
+ ,35
+ ,15
+ ,10
+ ,37
+ ,38
+ ,15
+ ,13
+ ,38
+ ,31
+ ,17
+ ,10
+ ,36
+ ,34
+ ,19
+ ,8
+ ,38
+ ,35
+ ,10
+ ,15
+ ,39
+ ,38
+ ,16
+ ,14
+ ,33
+ ,37
+ ,18
+ ,10
+ ,32
+ ,33
+ ,14
+ ,14
+ ,36
+ ,32
+ ,14
+ ,14
+ ,38
+ ,38
+ ,17
+ ,11
+ ,39
+ ,38
+ ,14
+ ,10
+ ,32
+ ,32
+ ,16
+ ,13
+ ,32
+ ,33
+ ,18
+ ,7
+ ,31
+ ,31
+ ,11
+ ,14
+ ,39
+ ,38
+ ,14
+ ,12
+ ,37
+ ,39
+ ,12
+ ,14
+ ,39
+ ,32
+ ,17
+ ,11
+ ,41
+ ,32
+ ,9
+ ,9
+ ,36
+ ,35
+ ,16
+ ,11
+ ,33
+ ,37
+ ,14
+ ,15
+ ,33
+ ,33
+ ,15
+ ,14
+ ,34
+ ,33
+ ,11
+ ,13
+ ,31
+ ,28
+ ,16
+ ,9
+ ,27
+ ,32
+ ,13
+ ,15
+ ,37
+ ,31
+ ,17
+ ,10
+ ,34
+ ,37
+ ,15
+ ,11
+ ,34
+ ,30
+ ,14
+ ,13
+ ,32
+ ,33
+ ,16
+ ,8
+ ,29
+ ,31
+ ,9
+ ,20
+ ,36
+ ,33
+ ,15
+ ,12
+ ,29
+ ,31
+ ,17
+ ,10
+ ,35
+ ,33
+ ,13
+ ,10
+ ,37
+ ,32
+ ,15
+ ,9
+ ,34
+ ,33
+ ,16
+ ,14
+ ,38
+ ,32
+ ,16
+ ,8
+ ,35
+ ,33
+ ,12
+ ,14
+ ,38
+ ,28
+ ,12
+ ,11
+ ,37
+ ,35
+ ,11
+ ,13
+ ,38
+ ,39
+ ,15
+ ,9
+ ,33
+ ,34
+ ,15
+ ,11
+ ,36
+ ,38
+ ,17
+ ,15
+ ,38
+ ,32
+ ,13
+ ,11
+ ,32
+ ,38
+ ,16
+ ,10
+ ,32
+ ,30
+ ,14
+ ,14
+ ,32
+ ,33
+ ,11
+ ,18
+ ,34
+ ,38
+ ,12
+ ,14
+ ,32
+ ,32
+ ,12
+ ,11
+ ,37
+ ,32
+ ,15
+ ,12
+ ,39
+ ,34
+ ,16
+ ,13
+ ,29
+ ,34
+ ,15
+ ,9
+ ,37
+ ,36
+ ,12
+ ,10
+ ,35
+ ,34
+ ,12
+ ,15
+ ,30
+ ,28
+ ,8
+ ,20
+ ,38
+ ,34
+ ,13
+ ,12
+ ,34
+ ,35
+ ,11
+ ,12
+ ,31
+ ,35
+ ,14
+ ,14
+ ,34
+ ,31
+ ,15
+ ,13
+ ,35
+ ,37
+ ,10
+ ,11
+ ,36
+ ,35
+ ,11
+ ,17
+ ,30
+ ,27
+ ,12
+ ,12
+ ,39
+ ,40
+ ,15
+ ,13
+ ,35
+ ,37
+ ,15
+ ,14
+ ,38
+ ,36
+ ,14
+ ,13
+ ,31
+ ,38
+ ,16
+ ,15
+ ,34
+ ,39
+ ,15
+ ,13
+ ,38
+ ,41
+ ,15
+ ,10
+ ,34
+ ,27
+ ,13
+ ,11
+ ,39
+ ,30
+ ,12
+ ,19
+ ,37
+ ,37
+ ,17
+ ,13
+ ,34
+ ,31
+ ,13
+ ,17
+ ,28
+ ,31
+ ,15
+ ,13
+ ,37
+ ,27
+ ,13
+ ,9
+ ,33
+ ,36
+ ,15
+ ,11
+ ,37
+ ,38
+ ,16
+ ,10
+ ,35
+ ,37
+ ,15
+ ,9
+ ,37
+ ,33
+ ,16
+ ,12
+ ,32
+ ,34
+ ,15
+ ,12
+ ,33
+ ,31
+ ,14
+ ,13
+ ,38
+ ,39
+ ,15
+ ,13
+ ,33
+ ,34
+ ,14
+ ,12
+ ,29
+ ,32
+ ,13
+ ,15
+ ,33
+ ,33
+ ,7
+ ,22
+ ,31
+ ,36
+ ,17
+ ,13
+ ,36
+ ,32
+ ,13
+ ,15
+ ,35
+ ,41
+ ,15
+ ,13
+ ,32
+ ,28
+ ,14
+ ,15
+ ,29
+ ,30
+ ,13
+ ,10
+ ,39
+ ,36
+ ,16
+ ,11
+ ,37
+ ,35
+ ,12
+ ,16
+ ,35
+ ,31
+ ,14
+ ,11
+ ,37
+ ,34
+ ,17
+ ,11
+ ,32
+ ,36
+ ,15
+ ,10
+ ,38
+ ,36
+ ,17
+ ,10
+ ,37
+ ,35
+ ,12
+ ,16
+ ,36
+ ,37
+ ,16
+ ,12
+ ,32
+ ,28
+ ,11
+ ,11
+ ,33
+ ,39
+ ,15
+ ,16
+ ,40
+ ,32
+ ,9
+ ,19
+ ,38
+ ,35
+ ,16
+ ,11
+ ,41
+ ,39
+ ,15
+ ,16
+ ,36
+ ,35
+ ,10
+ ,15
+ ,43
+ ,42
+ ,10
+ ,24
+ ,30
+ ,34
+ ,15
+ ,14
+ ,31
+ ,33
+ ,11
+ ,15
+ ,32
+ ,41
+ ,13
+ ,11
+ ,32
+ ,33
+ ,14
+ ,15
+ ,37
+ ,34
+ ,18
+ ,12
+ ,37
+ ,32
+ ,16
+ ,10
+ ,33
+ ,40
+ ,14
+ ,14
+ ,34
+ ,40
+ ,14
+ ,13
+ ,33
+ ,35
+ ,14
+ ,9
+ ,38
+ ,36
+ ,14
+ ,15
+ ,33
+ ,37
+ ,12
+ ,15
+ ,31
+ ,27
+ ,14
+ ,14
+ ,38
+ ,39
+ ,15
+ ,11
+ ,37
+ ,38
+ ,15
+ ,8
+ ,33
+ ,31
+ ,15
+ ,11
+ ,31
+ ,33
+ ,13
+ ,11
+ ,39
+ ,32
+ ,17
+ ,8
+ ,44
+ ,39
+ ,17
+ ,10
+ ,33
+ ,36
+ ,19
+ ,11
+ ,35
+ ,33
+ ,15
+ ,13
+ ,32
+ ,33
+ ,13
+ ,11
+ ,28
+ ,32
+ ,9
+ ,20
+ ,40
+ ,37
+ ,15
+ ,10
+ ,27
+ ,30
+ ,15
+ ,15
+ ,37
+ ,38
+ ,15
+ ,12
+ ,32
+ ,29
+ ,16
+ ,14
+ ,28
+ ,22
+ ,11
+ ,23
+ ,34
+ ,35
+ ,14
+ ,14
+ ,30
+ ,35
+ ,11
+ ,16
+ ,35
+ ,34
+ ,15
+ ,11
+ ,31
+ ,35
+ ,13
+ ,12
+ ,32
+ ,34
+ ,15
+ ,10
+ ,30
+ ,34
+ ,16
+ ,14
+ ,30
+ ,35
+ ,14
+ ,12
+ ,31
+ ,23
+ ,15
+ ,12
+ ,40
+ ,31
+ ,16
+ ,11
+ ,32
+ ,27
+ ,16
+ ,12
+ ,36
+ ,36
+ ,11
+ ,13
+ ,32
+ ,31
+ ,12
+ ,11
+ ,35
+ ,32
+ ,9
+ ,19
+ ,38
+ ,39
+ ,16
+ ,12
+ ,42
+ ,37
+ ,13
+ ,17
+ ,34
+ ,38
+ ,16
+ ,9
+ ,35
+ ,39
+ ,12
+ ,12
+ ,35
+ ,34
+ ,9
+ ,19
+ ,33
+ ,31
+ ,13
+ ,18
+ ,36
+ ,32
+ ,13
+ ,15
+ ,32
+ ,37
+ ,14
+ ,14
+ ,33
+ ,36
+ ,19
+ ,11
+ ,34
+ ,32
+ ,13
+ ,9
+ ,32
+ ,35
+ ,12
+ ,18
+ ,34
+ ,36
+ ,13
+ ,16)
+ ,dim=c(4
+ ,162)
+ ,dimnames=list(c('Connected'
+ ,'Separate'
+ ,'Happiness'
+ ,'Depression
')
+ ,1:162))
>  y <- array(NA,dim=c(4,162),dimnames=list(c('Connected','Separate','Happiness','Depression
'),1:162))
>  for (i in 1:dim(x)[1])
+  {
+  	for (j in 1:dim(x)[2])
+  	{
+  		y[i,j] <- as.numeric(x[i,j])
+  	}
+  }
> par1 = 'kendall'
> main = 'Correlation Matrix'
> panel.tau <- function(x, y, digits=2, prefix='', cex.cor)
+ {
+ usr <- par('usr'); on.exit(par(usr))
+ par(usr = c(0, 1, 0, 1))
+ rr <- cor.test(x, y, method=par1)
+ r <- round(rr$p.value,2)
+ txt <- format(c(r, 0.123456789), digits=digits)[1]
+ txt <- paste(prefix, txt, sep='')
+ if(missing(cex.cor)) cex <- 0.5/strwidth(txt)
+ text(0.5, 0.5, txt, cex = cex)
+ }
> panel.hist <- function(x, ...)
+ {
+ usr <- par('usr'); on.exit(par(usr))
+ par(usr = c(usr[1:2], 0, 1.5) )
+ h <- hist(x, plot = FALSE)
+ breaks <- h$breaks; nB <- length(breaks)
+ y <- h$counts; y <- y/max(y)
+ rect(breaks[-nB], 0, breaks[-1], y, col='grey', ...)
+ }
> postscript(file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/1hcjj1323869066.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) 
> pairs(t(y),diag.panel=panel.hist, upper.panel=panel.smooth, lower.panel=panel.tau, main=main)
Warning messages:
1: In strwidth(labels, "user") : font width unknown for character 0xd
2: In text.default(x, y, txt, cex = cex, font = font) :
  font width unknown for character 0xd
3: In text.default(x, y, txt, cex = cex, font = font) :
  font metrics unknown for character 0xd
> dev.off()
null device 
          1 
> 
> #Note: the /var/wessaorg/rcomp/createtable file can be downloaded at http://www.wessa.net/cretab
> load(file="/var/wessaorg/rcomp/createtable")
> 
> n <- length(y[,1])
> n
[1] 4
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,paste('Correlations for all pairs of data series (method=',par1,')',sep=''),n+1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,' ',header=TRUE)
> for (i in 1:n) {
+ a<-table.element(a,dimnames(t(x))[[2]][i],header=TRUE)
+ }
> a<-table.row.end(a)
> for (i in 1:n) {
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,dimnames(t(x))[[2]][i],header=TRUE)
+ for (j in 1:n) {
+ r <- cor.test(y[i,],y[j,],method=par1)
+ a<-table.element(a,round(r$estimate,3))
+ }
+ a<-table.row.end(a)
+ }
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/2twd11323869066.tab") 
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Correlations for all pairs of data series with p-values',4,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'pair',1,TRUE)
> a<-table.element(a,'Pearson r',1,TRUE)
> a<-table.element(a,'Spearman rho',1,TRUE)
> a<-table.element(a,'Kendall tau',1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> cor.test(y[1,],y[2,],method=par1)

	Kendall's rank correlation tau

data:  y[1, ] and y[2, ] 
z = 4.2305, p-value = 2.332e-05
alternative hypothesis: true tau is not equal to 0 
sample estimates:
    tau 
0.24125 

> for (i in 1:(n-1))
+ {
+ for (j in (i+1):n)
+ {
+ a<-table.row.start(a)
+ dum <- paste(dimnames(t(x))[[2]][i],';',dimnames(t(x))[[2]][j],sep='')
+ a<-table.element(a,dum,header=TRUE)
+ rp <- cor.test(y[i,],y[j,],method='pearson')
+ a<-table.element(a,round(rp$estimate,4))
+ rs <- cor.test(y[i,],y[j,],method='spearman')
+ a<-table.element(a,round(rs$estimate,4))
+ rk <- cor.test(y[i,],y[j,],method='kendall')
+ a<-table.element(a,round(rk$estimate,4))
+ a<-table.row.end(a)
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,'p-value',header=T)
+ a<-table.element(a,paste('(',round(rp$p.value,4),')',sep=''))
+ a<-table.element(a,paste('(',round(rs$p.value,4),')',sep=''))
+ a<-table.element(a,paste('(',round(rk$p.value,4),')',sep=''))
+ a<-table.row.end(a)
+ }
+ }
Warning messages:
1: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-values with ties
2: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-values with ties
3: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-values with ties
4: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-values with ties
5: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-values with ties
6: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-values with ties
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/3fo271323869066.tab") 
> 
> try(system("convert tmp/1hcjj1323869066.ps tmp/1hcjj1323869066.png",intern=TRUE))
character(0)
> 
> 
> proc.time()
   user  system elapsed 
  0.893   0.096   0.983