R version 2.13.0 (2011-04-13)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> x <- array(list(79
+ ,94
+ ,24188
+ ,2
+ ,58
+ ,103
+ ,18273
+ ,NA
+ ,60
+ ,93
+ ,14130
+ ,NA
+ ,108
+ ,103
+ ,32287
+ ,4
+ ,49
+ ,51
+ ,8654
+ ,NA
+ ,0
+ ,70
+ ,9245
+ ,NA
+ ,121
+ ,91
+ ,33251
+ ,NA
+ ,1
+ ,22
+ ,1271
+ ,NA
+ ,20
+ ,38
+ ,5279
+ ,NA
+ ,43
+ ,93
+ ,27101
+ ,0
+ ,69
+ ,60
+ ,16373
+ ,NA
+ ,78
+ ,123
+ ,19716
+ ,0
+ ,86
+ ,148
+ ,17753
+ ,-4
+ ,44
+ ,90
+ ,9028
+ ,4
+ ,104
+ ,124
+ ,18653
+ ,4
+ ,63
+ ,70
+ ,8828
+ ,NA
+ ,158
+ ,168
+ ,29498
+ ,0
+ ,102
+ ,115
+ ,27563
+ ,-1
+ ,77
+ ,71
+ ,18293
+ ,0
+ ,82
+ ,66
+ ,22530
+ ,NA
+ ,115
+ ,134
+ ,15977
+ ,NA
+ ,101
+ ,117
+ ,35082
+ ,NA
+ ,80
+ ,108
+ ,16116
+ ,1
+ ,50
+ ,84
+ ,15849
+ ,NA
+ ,83
+ ,156
+ ,16026
+ ,NA
+ ,123
+ ,120
+ ,26569
+ ,0
+ ,73
+ ,114
+ ,24785
+ ,3
+ ,81
+ ,94
+ ,17569
+ ,NA
+ ,105
+ ,120
+ ,23825
+ ,-1
+ ,47
+ ,81
+ ,7869
+ ,NA
+ ,105
+ ,110
+ ,14975
+ ,NA
+ ,94
+ ,133
+ ,37791
+ ,NA
+ ,44
+ ,122
+ ,9605
+ ,NA
+ ,114
+ ,158
+ ,27295
+ ,NA
+ ,38
+ ,109
+ ,2746
+ ,NA
+ ,107
+ ,124
+ ,34461
+ ,4
+ ,30
+ ,39
+ ,8098
+ ,NA
+ ,71
+ ,92
+ ,4787
+ ,NA
+ ,84
+ ,126
+ ,24919
+ ,3
+ ,0
+ ,0
+ ,603
+ ,NA
+ ,59
+ ,70
+ ,16329
+ ,NA
+ ,33
+ ,37
+ ,12558
+ ,1
+ ,42
+ ,38
+ ,7784
+ ,0
+ ,96
+ ,120
+ ,28522
+ ,-2
+ ,106
+ ,93
+ ,22265
+ ,-3
+ ,56
+ ,95
+ ,14459
+ ,-4
+ ,57
+ ,77
+ ,14526
+ ,NA
+ ,59
+ ,90
+ ,22240
+ ,2
+ ,39
+ ,80
+ ,11802
+ ,NA
+ ,34
+ ,31
+ ,7623
+ ,NA
+ ,76
+ ,110
+ ,11912
+ ,2
+ ,20
+ ,66
+ ,7935
+ ,NA
+ ,91
+ ,138
+ ,18220
+ ,-4
+ ,115
+ ,133
+ ,19199
+ ,3
+ ,85
+ ,113
+ ,19918
+ ,NA
+ ,76
+ ,100
+ ,21884
+ ,NA
+ ,8
+ ,7
+ ,2694
+ ,NA
+ ,79
+ ,140
+ ,15808
+ ,NA
+ ,21
+ ,61
+ ,3597
+ ,NA
+ ,30
+ ,41
+ ,5296
+ ,NA
+ ,76
+ ,96
+ ,25239
+ ,2
+ ,101
+ ,164
+ ,29801
+ ,2
+ ,94
+ ,78
+ ,18450
+ ,0
+ ,27
+ ,49
+ ,7132
+ ,NA
+ ,92
+ ,102
+ ,34861
+ ,5
+ ,123
+ ,124
+ ,35940
+ ,NA
+ ,75
+ ,99
+ ,16688
+ ,-2
+ ,128
+ ,129
+ ,24683
+ ,0
+ ,105
+ ,62
+ ,46230
+ ,NA
+ ,55
+ ,73
+ ,10387
+ ,NA
+ ,56
+ ,114
+ ,21436
+ ,-2
+ ,41
+ ,99
+ ,30546
+ ,-3
+ ,72
+ ,70
+ ,19746
+ ,NA
+ ,67
+ ,104
+ ,15977
+ ,2
+ ,75
+ ,116
+ ,22583
+ ,NA
+ ,114
+ ,91
+ ,17274
+ ,NA
+ ,118
+ ,74
+ ,16469
+ ,NA
+ ,77
+ ,138
+ ,14251
+ ,2
+ ,22
+ ,67
+ ,3007
+ ,NA
+ ,66
+ ,151
+ ,16851
+ ,2
+ ,69
+ ,72
+ ,21113
+ ,0
+ ,105
+ ,120
+ ,17401
+ ,4
+ ,116
+ ,115
+ ,23958
+ ,4
+ ,88
+ ,105
+ ,23567
+ ,NA
+ ,73
+ ,104
+ ,13065
+ ,NA
+ ,99
+ ,108
+ ,15358
+ ,NA
+ ,62
+ ,98
+ ,14587
+ ,2
+ ,53
+ ,69
+ ,12770
+ ,NA
+ ,118
+ ,111
+ ,24021
+ ,NA
+ ,30
+ ,99
+ ,9648
+ ,NA
+ ,100
+ ,71
+ ,20537
+ ,2
+ ,49
+ ,27
+ ,7905
+ ,NA
+ ,24
+ ,69
+ ,4527
+ ,NA
+ ,67
+ ,107
+ ,30495
+ ,-4
+ ,46
+ ,73
+ ,7117
+ ,3
+ ,57
+ ,107
+ ,17719
+ ,NA
+ ,75
+ ,93
+ ,27056
+ ,NA
+ ,135
+ ,129
+ ,33473
+ ,3
+ ,68
+ ,69
+ ,9758
+ ,NA
+ ,124
+ ,118
+ ,21115
+ ,2
+ ,33
+ ,73
+ ,7236
+ ,NA
+ ,98
+ ,119
+ ,13790
+ ,NA
+ ,58
+ ,104
+ ,32902
+ ,-1
+ ,68
+ ,107
+ ,25131
+ ,-3
+ ,81
+ ,99
+ ,30910
+ ,NA
+ ,131
+ ,90
+ ,35947
+ ,NA
+ ,110
+ ,197
+ ,29848
+ ,NA
+ ,37
+ ,36
+ ,6943
+ ,0
+ ,130
+ ,85
+ ,42705
+ ,NA
+ ,93
+ ,139
+ ,31808
+ ,1
+ ,118
+ ,106
+ ,26675
+ ,NA
+ ,39
+ ,50
+ ,8435
+ ,NA
+ ,13
+ ,64
+ ,7409
+ ,NA
+ ,74
+ ,31
+ ,14993
+ ,NA
+ ,81
+ ,63
+ ,36867
+ ,NA
+ ,109
+ ,92
+ ,33835
+ ,NA
+ ,151
+ ,106
+ ,24164
+ ,NA
+ ,51
+ ,63
+ ,12607
+ ,NA
+ ,28
+ ,69
+ ,22609
+ ,NA
+ ,40
+ ,41
+ ,5892
+ ,NA
+ ,56
+ ,56
+ ,17014
+ ,-3
+ ,27
+ ,25
+ ,5394
+ ,NA
+ ,37
+ ,65
+ ,9178
+ ,NA
+ ,83
+ ,93
+ ,6440
+ ,3
+ ,54
+ ,114
+ ,21916
+ ,NA
+ ,27
+ ,38
+ ,4011
+ ,NA
+ ,28
+ ,44
+ ,5818
+ ,NA
+ ,59
+ ,87
+ ,18647
+ ,0
+ ,133
+ ,110
+ ,20556
+ ,0
+ ,12
+ ,0
+ ,238
+ ,NA
+ ,0
+ ,27
+ ,70
+ ,NA
+ ,106
+ ,83
+ ,22392
+ ,0
+ ,23
+ ,30
+ ,3913
+ ,NA
+ ,44
+ ,80
+ ,12237
+ ,NA
+ ,71
+ ,98
+ ,8388
+ ,3
+ ,116
+ ,82
+ ,22120
+ ,-3
+ ,4
+ ,0
+ ,338
+ ,NA
+ ,62
+ ,60
+ ,11727
+ ,NA
+ ,12
+ ,28
+ ,3704
+ ,NA
+ ,18
+ ,9
+ ,3988
+ ,NA
+ ,14
+ ,33
+ ,3030
+ ,NA
+ ,60
+ ,59
+ ,13520
+ ,NA
+ ,7
+ ,49
+ ,1421
+ ,NA
+ ,98
+ ,115
+ ,20923
+ ,0
+ ,64
+ ,140
+ ,20237
+ ,-4
+ ,29
+ ,49
+ ,3219
+ ,NA
+ ,32
+ ,120
+ ,3769
+ ,2
+ ,25
+ ,66
+ ,12252
+ ,-1
+ ,16
+ ,21
+ ,1888
+ ,NA
+ ,48
+ ,124
+ ,14497
+ ,NA
+ ,100
+ ,152
+ ,28864
+ ,NA
+ ,46
+ ,139
+ ,21721
+ ,3
+ ,45
+ ,38
+ ,4821
+ ,NA
+ ,129
+ ,144
+ ,33644
+ ,NA
+ ,130
+ ,120
+ ,15923
+ ,NA
+ ,136
+ ,160
+ ,42935
+ ,NA
+ ,59
+ ,114
+ ,18864
+ ,NA
+ ,25
+ ,39
+ ,4977
+ ,NA
+ ,32
+ ,78
+ ,7785
+ ,NA
+ ,63
+ ,119
+ ,17939
+ ,2
+ ,95
+ ,141
+ ,23436
+ ,5
+ ,14
+ ,101
+ ,325
+ ,NA
+ ,36
+ ,56
+ ,13539
+ ,NA
+ ,113
+ ,133
+ ,34538
+ ,2
+ ,47
+ ,83
+ ,12198
+ ,NA
+ ,92
+ ,116
+ ,26924
+ ,NA
+ ,70
+ ,90
+ ,12716
+ ,NA
+ ,19
+ ,36
+ ,8172
+ ,NA
+ ,50
+ ,50
+ ,10855
+ ,NA
+ ,41
+ ,61
+ ,11932
+ ,NA
+ ,91
+ ,97
+ ,14300
+ ,NA
+ ,111
+ ,98
+ ,25515
+ ,-2
+ ,41
+ ,78
+ ,2805
+ ,NA
+ ,120
+ ,117
+ ,29402
+ ,0
+ ,135
+ ,148
+ ,16440
+ ,NA
+ ,27
+ ,41
+ ,11221
+ ,NA
+ ,87
+ ,105
+ ,28732
+ ,3
+ ,25
+ ,55
+ ,5250
+ ,-2
+ ,131
+ ,132
+ ,28608
+ ,0
+ ,45
+ ,44
+ ,8092
+ ,NA
+ ,29
+ ,21
+ ,4473
+ ,NA
+ ,58
+ ,50
+ ,1572
+ ,NA
+ ,4
+ ,0
+ ,2065
+ ,NA
+ ,47
+ ,73
+ ,14817
+ ,6
+ ,109
+ ,86
+ ,16714
+ ,-3
+ ,7
+ ,0
+ ,556
+ ,NA
+ ,12
+ ,13
+ ,2089
+ ,NA
+ ,0
+ ,4
+ ,2658
+ ,NA
+ ,37
+ ,57
+ ,10695
+ ,NA
+ ,37
+ ,48
+ ,1669
+ ,3
+ ,46
+ ,46
+ ,16267
+ ,NA
+ ,15
+ ,48
+ ,7768
+ ,0
+ ,42
+ ,32
+ ,7252
+ ,NA
+ ,7
+ ,68
+ ,6387
+ ,NA
+ ,54
+ ,87
+ ,18715
+ ,NA
+ ,54
+ ,43
+ ,7936
+ ,-2
+ ,14
+ ,67
+ ,8643
+ ,NA
+ ,16
+ ,46
+ ,7294
+ ,1
+ ,33
+ ,46
+ ,4570
+ ,NA
+ ,32
+ ,56
+ ,7185
+ ,NA
+ ,21
+ ,48
+ ,10058
+ ,NA
+ ,15
+ ,44
+ ,2342
+ ,NA
+ ,38
+ ,60
+ ,8509
+ ,NA
+ ,22
+ ,65
+ ,13275
+ ,0
+ ,28
+ ,55
+ ,6816
+ ,NA
+ ,10
+ ,38
+ ,1930
+ ,NA
+ ,31
+ ,52
+ ,8086
+ ,NA
+ ,32
+ ,60
+ ,10737
+ ,NA
+ ,32
+ ,54
+ ,8033
+ ,NA
+ ,43
+ ,86
+ ,7058
+ ,NA
+ ,27
+ ,24
+ ,6782
+ ,NA
+ ,37
+ ,52
+ ,5401
+ ,2
+ ,20
+ ,49
+ ,6521
+ ,NA
+ ,32
+ ,61
+ ,10856
+ ,NA
+ ,0
+ ,61
+ ,2154
+ ,NA
+ ,5
+ ,81
+ ,6117
+ ,NA
+ ,26
+ ,43
+ ,5238
+ ,NA
+ ,10
+ ,40
+ ,4820
+ ,NA
+ ,27
+ ,40
+ ,5615
+ ,NA
+ ,11
+ ,56
+ ,4272
+ ,NA
+ ,29
+ ,68
+ ,8702
+ ,2
+ ,25
+ ,79
+ ,15340
+ ,NA
+ ,55
+ ,47
+ ,8030
+ ,-3
+ ,23
+ ,57
+ ,9526
+ ,NA
+ ,5
+ ,41
+ ,1278
+ ,-2
+ ,43
+ ,29
+ ,4236
+ ,NA
+ ,23
+ ,3
+ ,3023
+ ,NA
+ ,34
+ ,60
+ ,7196
+ ,NA
+ ,36
+ ,30
+ ,3394
+ ,NA
+ ,35
+ ,79
+ ,6371
+ ,NA
+ ,0
+ ,47
+ ,1574
+ ,1
+ ,37
+ ,40
+ ,9620
+ ,NA
+ ,28
+ ,48
+ ,6978
+ ,NA
+ ,16
+ ,36
+ ,4911
+ ,NA
+ ,26
+ ,42
+ ,8645
+ ,NA
+ ,38
+ ,49
+ ,8987
+ ,NA
+ ,23
+ ,57
+ ,5544
+ ,NA
+ ,22
+ ,12
+ ,3083
+ ,NA
+ ,30
+ ,40
+ ,6909
+ ,NA
+ ,16
+ ,43
+ ,3189
+ ,NA
+ ,18
+ ,33
+ ,6745
+ ,NA
+ ,28
+ ,77
+ ,16724
+ ,NA
+ ,32
+ ,43
+ ,4850
+ ,NA
+ ,21
+ ,45
+ ,7025
+ ,NA
+ ,23
+ ,47
+ ,6047
+ ,NA
+ ,29
+ ,43
+ ,7377
+ ,NA
+ ,50
+ ,45
+ ,9078
+ ,NA
+ ,12
+ ,50
+ ,4605
+ ,NA
+ ,21
+ ,35
+ ,3238
+ ,NA
+ ,18
+ ,7
+ ,8100
+ ,NA
+ ,27
+ ,71
+ ,9653
+ ,-4
+ ,41
+ ,67
+ ,8914
+ ,NA
+ ,13
+ ,0
+ ,786
+ ,NA
+ ,12
+ ,62
+ ,6700
+ ,NA
+ ,21
+ ,54
+ ,5788
+ ,NA
+ ,8
+ ,4
+ ,593
+ ,NA
+ ,26
+ ,25
+ ,4506
+ ,NA
+ ,27
+ ,40
+ ,6382
+ ,NA
+ ,13
+ ,38
+ ,5621
+ ,NA
+ ,16
+ ,19
+ ,3997
+ ,NA
+ ,2
+ ,17
+ ,520
+ ,NA
+ ,42
+ ,67
+ ,8891
+ ,NA
+ ,5
+ ,14
+ ,999
+ ,NA
+ ,37
+ ,30
+ ,7067
+ ,0
+ ,17
+ ,54
+ ,4639
+ ,NA
+ ,38
+ ,35
+ ,5654
+ ,NA
+ ,37
+ ,59
+ ,6928
+ ,NA
+ ,29
+ ,24
+ ,1514
+ ,1
+ ,32
+ ,58
+ ,9238
+ ,NA
+ ,35
+ ,42
+ ,8204
+ ,NA
+ ,17
+ ,46
+ ,5926
+ ,NA
+ ,20
+ ,61
+ ,5785
+ ,NA
+ ,7
+ ,3
+ ,4
+ ,NA
+ ,46
+ ,52
+ ,5930
+ ,NA
+ ,24
+ ,25
+ ,3710
+ ,NA
+ ,40
+ ,40
+ ,705
+ ,NA
+ ,3
+ ,32
+ ,443
+ ,NA
+ ,10
+ ,4
+ ,2416
+ ,NA
+ ,37
+ ,49
+ ,7747
+ ,NA
+ ,17
+ ,63
+ ,5432
+ ,0
+ ,28
+ ,67
+ ,4913
+ ,NA
+ ,19
+ ,32
+ ,2650
+ ,NA
+ ,29
+ ,23
+ ,2370
+ ,NA
+ ,8
+ ,7
+ ,775
+ ,NA
+ ,10
+ ,54
+ ,5576
+ ,NA
+ ,15
+ ,37
+ ,1352
+ ,NA
+ ,15
+ ,35
+ ,3080
+ ,NA
+ ,28
+ ,51
+ ,10205
+ ,NA
+ ,17
+ ,39
+ ,6095
+ ,NA)
+ ,dim=c(4
+ ,289)
+ ,dimnames=list(c('blogged_comp.'
+ ,'feedb.mess.long'
+ ,'tot.revisions'
+ ,'Result_test')
+ ,1:289))
>  y <- array(NA,dim=c(4,289),dimnames=list(c('blogged_comp.','feedb.mess.long','tot.revisions','Result_test'),1:289))
>  for (i in 1:dim(x)[1])
+  {
+  	for (j in 1:dim(x)[2])
+  	{
+  		y[i,j] <- as.numeric(x[i,j])
+  	}
+  }
> par1 = 'pearson'
> main = 'Correlation Matrix'
> panel.tau <- function(x, y, digits=2, prefix='', cex.cor)
+ {
+ usr <- par('usr'); on.exit(par(usr))
+ par(usr = c(0, 1, 0, 1))
+ rr <- cor.test(x, y, method=par1)
+ r <- round(rr$p.value,2)
+ txt <- format(c(r, 0.123456789), digits=digits)[1]
+ txt <- paste(prefix, txt, sep='')
+ if(missing(cex.cor)) cex <- 0.5/strwidth(txt)
+ text(0.5, 0.5, txt, cex = cex)
+ }
> panel.hist <- function(x, ...)
+ {
+ usr <- par('usr'); on.exit(par(usr))
+ par(usr = c(usr[1:2], 0, 1.5) )
+ h <- hist(x, plot = FALSE)
+ breaks <- h$breaks; nB <- length(breaks)
+ y <- h$counts; y <- y/max(y)
+ rect(breaks[-nB], 0, breaks[-1], y, col='grey', ...)
+ }
> postscript(file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/1s9l61324663885.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) 
> pairs(t(y),diag.panel=panel.hist, upper.panel=panel.smooth, lower.panel=panel.tau, main=main)
> dev.off()
null device 
          1 
> 
> #Note: the /var/wessaorg/rcomp/createtable file can be downloaded at http://www.wessa.net/cretab
> load(file="/var/wessaorg/rcomp/createtable")
> 
> n <- length(y[,1])
> n
[1] 4
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,paste('Correlations for all pairs of data series (method=',par1,')',sep=''),n+1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,' ',header=TRUE)
> for (i in 1:n) {
+ a<-table.element(a,dimnames(t(x))[[2]][i],header=TRUE)
+ }
> a<-table.row.end(a)
> for (i in 1:n) {
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,dimnames(t(x))[[2]][i],header=TRUE)
+ for (j in 1:n) {
+ r <- cor.test(y[i,],y[j,],method=par1)
+ a<-table.element(a,round(r$estimate,3))
+ }
+ a<-table.row.end(a)
+ }
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/2jvjc1324663885.tab") 
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Correlations for all pairs of data series with p-values',4,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'pair',1,TRUE)
> a<-table.element(a,'Pearson r',1,TRUE)
> a<-table.element(a,'Spearman rho',1,TRUE)
> a<-table.element(a,'Kendall tau',1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> cor.test(y[1,],y[2,],method=par1)

	Pearson's product-moment correlation

data:  y[1, ] and y[2, ] 
t = 20.6992, df = 287, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0 
95 percent confidence interval:
 0.7230375 0.8163483 
sample estimates:
      cor 
0.7738587 

> for (i in 1:(n-1))
+ {
+ for (j in (i+1):n)
+ {
+ a<-table.row.start(a)
+ dum <- paste(dimnames(t(x))[[2]][i],';',dimnames(t(x))[[2]][j],sep='')
+ a<-table.element(a,dum,header=TRUE)
+ rp <- cor.test(y[i,],y[j,],method='pearson')
+ a<-table.element(a,round(rp$estimate,4))
+ rs <- cor.test(y[i,],y[j,],method='spearman')
+ a<-table.element(a,round(rs$estimate,4))
+ rk <- cor.test(y[i,],y[j,],method='kendall')
+ a<-table.element(a,round(rk$estimate,4))
+ a<-table.row.end(a)
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,'p-value',header=T)
+ a<-table.element(a,paste('(',round(rp$p.value,4),')',sep=''))
+ a<-table.element(a,paste('(',round(rs$p.value,4),')',sep=''))
+ a<-table.element(a,paste('(',round(rk$p.value,4),')',sep=''))
+ a<-table.row.end(a)
+ }
+ }
Warning messages:
1: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-values with ties
2: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-values with ties
3: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-values with ties
4: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-values with ties
5: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-values with ties
6: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-values with ties
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/3xblr1324663885.tab") 
> 
> try(system("convert tmp/1s9l61324663885.ps tmp/1s9l61324663885.png",intern=TRUE))
character(0)
> 
> 
> proc.time()
   user  system elapsed 
  1.011   0.095   1.100