x <- array(list(2 ,36 ,88 ,2 ,56 ,94 ,3 ,48 ,90 ,1 ,32 ,73 ,1 ,44 ,68 ,2 ,39 ,80 ,2 ,34 ,86 ,1 ,41 ,86 ,3 ,50 ,91 ,1 ,39 ,79 ,3 ,62 ,96 ,2 ,52 ,92 ,1 ,37 ,72 ,2 ,50 ,96 ,2 ,41 ,70 ,2 ,55 ,86 ,1 ,41 ,87 ,3 ,56 ,88 ,2 ,39 ,79 ,1 ,52 ,90 ,1 ,46 ,95 ,1 ,44 ,85 ,2 ,41 ,90 ,3 ,50 ,115 ,2 ,50 ,84 ,2 ,44 ,79 ,2 ,52 ,94 ,2 ,54 ,97 ,2 ,44 ,86 ,3 ,52 ,111 ,2 ,37 ,87 ,2 ,52 ,98 ,2 ,50 ,87 ,1 ,36 ,68 ,2 ,50 ,88 ,2 ,52 ,82 ,3 ,55 ,111 ,1 ,31 ,75 ,2 ,36 ,94 ,1 ,49 ,95 ,2 ,42 ,80 ,2 ,37 ,95 ,2 ,41 ,68 ,2 ,30 ,94 ,2 ,52 ,88 ,1 ,30 ,84 ,2 ,44 ,101 ,2 ,66 ,98 ,1 ,48 ,78 ,3 ,43 ,109 ,1 ,57 ,102 ,1 ,46 ,81 ,1 ,54 ,97 ,2 ,48 ,75 ,2 ,48 ,97 ,1 ,62 ,101 ,1 ,58 ,101 ,2 ,58 ,95 ,2 ,62 ,95 ,2 ,46 ,95 ,2 ,34 ,90 ,3 ,66 ,107 ,2 ,52 ,92 ,1 ,55 ,86 ,1 ,55 ,70 ,2 ,57 ,95 ,2 ,56 ,96 ,2 ,55 ,91 ,3 ,56 ,87 ,2 ,54 ,92 ,2 ,55 ,97 ,3 ,46 ,102 ,1 ,52 ,91 ,2 ,32 ,68 ,1 ,44 ,88 ,2 ,46 ,97 ,2 ,59 ,90 ,2 ,46 ,101 ,2 ,46 ,94 ,3 ,54 ,101 ,3 ,66 ,109 ,2 ,56 ,100 ,2 ,59 ,103 ,2 ,57 ,94 ,2 ,52 ,97 ,2 ,48 ,85 ,2 ,44 ,75 ,1 ,41 ,77 ,1 ,50 ,87 ,1 ,48 ,78 ,3 ,48 ,108 ,2 ,59 ,97 ,2 ,34 ,105 ,2 ,46 ,106 ,2 ,54 ,107 ,1 ,55 ,95 ,2 ,54 ,107 ,2 ,59 ,115 ,2 ,44 ,101 ,1 ,54 ,85 ,2 ,52 ,90 ,3 ,66 ,115 ,2 ,44 ,95 ,1 ,57 ,97 ,1 ,39 ,112 ,1 ,60 ,97 ,1 ,45 ,77 ,2 ,41 ,90 ,2 ,50 ,94 ,3 ,39 ,103 ,2 ,43 ,77 ,2 ,48 ,98 ,2 ,37 ,90 ,3 ,58 ,111 ,1 ,46 ,77 ,3 ,43 ,88 ,1 ,44 ,75 ,2 ,34 ,92 ,2 ,30 ,78 ,2 ,50 ,106 ,1 ,39 ,80 ,2 ,37 ,87 ,1 ,55 ,92 ,3 ,41 ,111 ,2 ,39 ,86 ,2 ,36 ,85 ,1 ,43 ,90 ,3 ,50 ,101 ,2 ,55 ,94 ,1 ,43 ,86 ,1 ,60 ,86 ,1 ,48 ,90 ,1 ,30 ,75 ,2 ,43 ,86 ,3 ,39 ,91 ,2 ,52 ,97 ,2 ,39 ,91 ,1 ,39 ,70 ,2 ,56 ,98 ,1 ,59 ,96 ,1 ,46 ,95 ,2 ,57 ,100 ,2 ,50 ,95 ,2 ,54 ,97 ,2 ,50 ,97 ,3 ,60 ,92 ,3 ,59 ,115 ,3 ,41 ,88 ,2 ,48 ,87 ,2 ,59 ,100 ,2 ,60 ,98 ,1 ,56 ,102 ,1 ,51 ,96) ,dim=c(3 ,153) ,dimnames=list(c('MVRBIQ0' ,'MC30VRB' ,'WISCRY7V') ,1:153)) y <- array(NA,dim=c(3,153),dimnames=list(c('MVRBIQ0','MC30VRB','WISCRY7V'),1:153)) for (i in 1:dim(x)[1]) { for (j in 1:dim(x)[2]) { y[i,j] <- as.numeric(x[i,j]) } } par3 = 'TRUE' par2 = '1' par1 = '2' ylab = 'Y Variable Name' xlab = 'X Variable Name' main = 'Title Goes Here' cat1 <- as.numeric(par1) # cat2<- as.numeric(par2) # intercept<-as.logical(par3) x <- t(x) x1<-as.numeric(x[,cat1]) f1<-as.character(x[,cat2]) xdf<-data.frame(x1,f1) (V1<-dimnames(y)[[1]][cat1]) (V2<-dimnames(y)[[1]][cat2]) names(xdf)<-c('Response', 'Treatment') if(intercept == FALSE) (lmxdf<-lm(Response ~ Treatment - 1, data = xdf) ) else (lmxdf<-lm(Response ~ Treatment, data = xdf) ) (aov.xdf<-aov(lmxdf) ) (anova.xdf<-anova(lmxdf) ) #Note: the /var/wessaorg/rcomp/createtable file can be downloaded at http://www.wessa.net/cretab load(file="/var/wessaorg/rcomp/createtable") a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'ANOVA Model', length(lmxdf$coefficients)+1,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, paste(V1, ' ~ ', V2), length(lmxdf$coefficients)+1,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, 'means',,TRUE) for(i in 1:length(lmxdf$coefficients)){ a<-table.element(a, round(lmxdf$coefficients[i], digits=3),,FALSE) } a<-table.row.end(a) a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/1pojd1322226726.tab") a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'ANOVA Statistics', 5+1,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, ' ',,TRUE) a<-table.element(a, 'Df',,FALSE) a<-table.element(a, 'Sum Sq',,FALSE) a<-table.element(a, 'Mean Sq',,FALSE) a<-table.element(a, 'F value',,FALSE) a<-table.element(a, 'Pr(>F)',,FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, V2,,TRUE) a<-table.element(a, anova.xdf$Df[1],,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Sum Sq'[1], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Mean Sq'[1], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'F value'[1], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Pr(>F)'[1], digits=3),,FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, 'Residuals',,TRUE) a<-table.element(a, anova.xdf$Df[2],,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Sum Sq'[2], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Mean Sq'[2], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, ' ',,FALSE) a<-table.element(a, ' ',,FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/2sgyz1322226726.tab") postscript(file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/33q921322226726.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) boxplot(Response ~ Treatment, data=xdf, xlab=V2, ylab=V1) dev.off() if(intercept==TRUE){ thsd<-TukeyHSD(aov.xdf) postscript(file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/4czz81322226726.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) plot(thsd) dev.off() } if(intercept==TRUE){ a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Tukey Honest Significant Difference Comparisons', 5,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, ' ', 1, TRUE) for(i in 1:4){ a<-table.element(a,colnames(thsd[[1]])[i], 1, TRUE) } a<-table.row.end(a) for(i in 1:length(rownames(thsd[[1]]))){ a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,rownames(thsd[[1]])[i], 1, TRUE) for(j in 1:4){ a<-table.element(a,round(thsd[[1]][i,j], digits=3), 1, FALSE) } a<-table.row.end(a) } a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/53iab1322226726.tab") } if(intercept==FALSE){ a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'TukeyHSD Message', 1,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Must Include Intercept to use Tukey Test ', 1, FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/6utsj1322226726.tab") } library(car) lt.lmxdf<-levene.test(lmxdf) a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Levenes Test for Homogeneity of Variance', 4,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,' ', 1, TRUE) for (i in 1:3){ a<-table.element(a,names(lt.lmxdf)[i], 1, FALSE) } a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Group', 1, TRUE) for (i in 1:3){ a<-table.element(a,round(lt.lmxdf[[i]][1], digits=3), 1, FALSE) } a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,' ', 1, TRUE) a<-table.element(a,lt.lmxdf[[1]][2], 1, FALSE) a<-table.element(a,' ', 1, FALSE) a<-table.element(a,' ', 1, FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/7vopn1322226726.tab") try(system("convert tmp/33q921322226726.ps tmp/33q921322226726.png",intern=TRUE)) try(system("convert tmp/4czz81322226726.ps tmp/4czz81322226726.png",intern=TRUE))