R version 2.13.0 (2011-04-13)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
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R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> x <- array(list(1
+ ,86
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+ ,1
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+ ,94
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+ ,1
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+ ,1
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+ ,55
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+ ,3
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+ ,10
+ ,57
+ ,95
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+ ,1
+ ,97
+ ,9
+ ,56
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+ ,6
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+ ,2
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+ ,5
+ ,52
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+ ,87
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+ ,68
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+ ,44
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+ ,46
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+ ,2
+ ,78
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+ ,2
+ ,92
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+ ,7
+ ,55
+ ,92
+ ,3
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+ ,5
+ ,39
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+ ,103
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+ ,50
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+ ,3
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+ ,55
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+ ,43
+ ,86
+ ,3
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+ ,60
+ ,86
+ ,2
+ ,74
+ ,8
+ ,48
+ ,90
+ ,1
+ ,76
+ ,9
+ ,30
+ ,75
+ ,3
+ ,83
+ ,7
+ ,43
+ ,86
+ ,3
+ ,101
+ ,6
+ ,39
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+ ,3
+ ,83
+ ,8
+ ,52
+ ,97
+ ,2
+ ,92
+ ,6
+ ,39
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+ ,3
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+ ,2
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+ ,56
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+ ,3
+ ,80
+ ,8
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+ ,95
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+ ,3
+ ,80
+ ,9
+ ,50
+ ,97
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+ ,88
+ ,2
+ ,85
+ ,5
+ ,48
+ ,87
+ ,3
+ ,83
+ ,8
+ ,59
+ ,100
+ ,3
+ ,86
+ ,9
+ ,60
+ ,98
+ ,1
+ ,72
+ ,8
+ ,56
+ ,102
+ ,3
+ ,75
+ ,4
+ ,51
+ ,96)
+ ,dim=c(5
+ ,151)
+ ,dimnames=list(c('MOMAGE'
+ ,'MVRBIQ0'
+ ,'MWARM30'
+ ,'MC30VRB'
+ ,'WISCRY7V')
+ ,1:151))
>  y <- array(NA,dim=c(5,151),dimnames=list(c('MOMAGE','MVRBIQ0','MWARM30','MC30VRB','WISCRY7V'),1:151))
>  for (i in 1:dim(x)[1])
+  {
+  	for (j in 1:dim(x)[2])
+  	{
+  		y[i,j] <- as.numeric(x[i,j])
+  	}
+  }
> par3 = 'FALSE'
> par2 = '5'
> par1 = '4'
> ylab = 'Y Variable Name'
> xlab = 'X Variable Name'
> main = 'Title Goes Here'
> cat1 <- as.numeric(par1) #
> cat2<- as.numeric(par2) #
> intercept<-as.logical(par3)
> x <- t(x)
> x1<-as.numeric(x[,cat1])
> f1<-as.character(x[,cat2])
> xdf<-data.frame(x1,f1)
> (V1<-dimnames(y)[[1]][cat1])
[1] "MC30VRB"
> (V2<-dimnames(y)[[1]][cat2])
[1] "WISCRY7V"
> names(xdf)<-c('Response', 'Treatment')
> if(intercept == FALSE) (lmxdf<-lm(Response ~ Treatment - 1, data = xdf) ) else (lmxdf<-lm(Response ~ Treatment, data = xdf) )

Call:
lm(formula = Response ~ Treatment - 1, data = xdf)

Coefficients:
Treatment100  Treatment101  Treatment102  Treatment103  Treatment106  
       57.33         51.14         53.00         49.00         48.00  
Treatment107  Treatment108  Treatment109  Treatment111  Treatment112  
       58.00         48.00         54.50         55.00         39.00  
Treatment115   Treatment68   Treatment70   Treatment72   Treatment73  
       58.50         38.25         45.00         37.00         32.00  
 Treatment75   Treatment77   Treatment78   Treatment79   Treatment80  
       39.40         43.75         42.00         40.67         40.00  
 Treatment81   Treatment82   Treatment84   Treatment85   Treatment86  
       46.00         52.00         40.00         45.50         46.00  
 Treatment87   Treatment88   Treatment90   Treatment91   Treatment92  
       45.57         46.00         45.50         47.00         51.17  
 Treatment94   Treatment95   Treatment96   Treatment97   Treatment98  
       47.75         50.00         55.60         53.42         56.40  

> (aov.xdf<-aov(lmxdf) )
Call:
   aov(formula = lmxdf)

Terms:
                Treatment Residuals
Sum of Squares   356912.7    6309.3
Deg. of Freedom        35       116

Residual standard error: 7.374966 
Estimated effects are balanced
> (anova.xdf<-anova(lmxdf) )
Analysis of Variance Table

Response: Response
           Df Sum Sq Mean Sq F value    Pr(>F)    
Treatment  35 356913 10197.5  187.49 < 2.2e-16 ***
Residuals 116   6309    54.4                      
---
Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1 
> 
> #Note: the /var/wessaorg/rcomp/createtable file can be downloaded at http://www.wessa.net/cretab
> load(file="/var/wessaorg/rcomp/createtable")
> 
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'ANOVA Model', length(lmxdf$coefficients)+1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a, paste(V1, ' ~ ', V2), length(lmxdf$coefficients)+1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a, 'means',,TRUE)
> for(i in 1:length(lmxdf$coefficients)){
+ a<-table.element(a, round(lmxdf$coefficients[i], digits=3),,FALSE)
+ }
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/1ac2s1322420089.tab") 
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'ANOVA Statistics', 5+1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a, ' ',,TRUE)
> a<-table.element(a, 'Df',,FALSE)
> a<-table.element(a, 'Sum Sq',,FALSE)
> a<-table.element(a, 'Mean Sq',,FALSE)
> a<-table.element(a, 'F value',,FALSE)
> a<-table.element(a, 'Pr(>F)',,FALSE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a, V2,,TRUE)
> a<-table.element(a, anova.xdf$Df[1],,FALSE)
> a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Sum Sq'[1], digits=3),,FALSE)
> a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Mean Sq'[1], digits=3),,FALSE)
> a<-table.element(a, round(anova.xdf$'F value'[1], digits=3),,FALSE)
> a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Pr(>F)'[1], digits=3),,FALSE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a, 'Residuals',,TRUE)
> a<-table.element(a, anova.xdf$Df[2],,FALSE)
> a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Sum Sq'[2], digits=3),,FALSE)
> a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Mean Sq'[2], digits=3),,FALSE)
> a<-table.element(a, ' ',,FALSE)
> a<-table.element(a, ' ',,FALSE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/2dhor1322420089.tab") 
> postscript(file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/33dis1322420089.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) 
> boxplot(Response ~ Treatment, data=xdf, xlab=V2, ylab=V1)
> dev.off()
null device 
          1 
> if(intercept==TRUE){
+ thsd<-TukeyHSD(aov.xdf)
+ postscript(file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/4pt7m1322420089.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) 
+ plot(thsd)
+ dev.off()
+ }
> if(intercept==TRUE){
+ a<-table.start()
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,'Tukey Honest Significant Difference Comparisons', 5,TRUE)
+ a<-table.row.end(a)
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a, ' ', 1, TRUE)
+ for(i in 1:4){
+ a<-table.element(a,colnames(thsd[[1]])[i], 1, TRUE)
+ }
+ a<-table.row.end(a)
+ for(i in 1:length(rownames(thsd[[1]]))){
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,rownames(thsd[[1]])[i], 1, TRUE)
+ for(j in 1:4){
+ a<-table.element(a,round(thsd[[1]][i,j], digits=3), 1, FALSE)
+ }
+ a<-table.row.end(a)
+ }
+ a<-table.end(a)
+ table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/5tqu11322420089.tab") 
+ }
> if(intercept==FALSE){
+ a<-table.start()
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,'TukeyHSD Message', 1,TRUE)
+ a<-table.row.end(a)
+ a<-table.start()
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,'Must Include Intercept to use Tukey Test ', 1, FALSE)
+ a<-table.row.end(a)
+ a<-table.end(a)
+ table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/66l7l1322420089.tab") 
+ }
> library(car)
Loading required package: MASS
Loading required package: nnet
Loading required package: survival
Loading required package: splines
> lt.lmxdf<-levene.test(lmxdf)
Warning message:
'levene.test' is deprecated.
Use 'leveneTest' instead.
See help("Deprecated") and help("car-deprecated"). 
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Levenes Test for Homogeneity of Variance', 4,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,' ', 1, TRUE)
> for (i in 1:3){
+ a<-table.element(a,names(lt.lmxdf)[i], 1, FALSE)
+ }
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Group', 1, TRUE)
> for (i in 1:3){
+ a<-table.element(a,round(lt.lmxdf[[i]][1], digits=3), 1, FALSE)
+ }
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,' ', 1, TRUE)
> a<-table.element(a,lt.lmxdf[[1]][2], 1, FALSE)
> a<-table.element(a,' ', 1, FALSE)
> a<-table.element(a,' ', 1, FALSE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/7q9vo1322420089.tab") 
> 
> try(system("convert tmp/33dis1322420089.ps tmp/33dis1322420089.png",intern=TRUE))
character(0)
> try(system("convert tmp/4pt7m1322420089.ps tmp/4pt7m1322420089.png",intern=TRUE))
convert: unable to open image `tmp/4pt7m1322420089.ps': No such file or directory @ blob.c/OpenBlob/2480.
convert: missing an image filename `tmp/4pt7m1322420089.png' @ convert.c/ConvertImageCommand/2838.
character(0)
Warning message:
running command 'convert tmp/4pt7m1322420089.ps tmp/4pt7m1322420089.png' had status 1 
> 
> 
> proc.time()
   user  system elapsed 
  0.838   0.154   0.987