R version 2.13.0 (2011-04-13) Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. > x <- array(list(4 + ,7 + ,7 + ,6 + ,1 + ,5 + ,7 + ,7 + ,7 + ,7 + ,6 + ,1 + ,7 + ,1 + ,5 + ,7 + ,4 + ,4 + ,1 + ,4 + ,4 + ,7 + ,5 + ,5 + ,5 + ,1 + ,5 + ,5 + ,5 + ,5 + ,6 + ,4 + ,1 + ,4 + ,5 + ,5 + ,5 + ,6 + ,4 + ,1 + ,4 + ,3 + ,5 + ,5 + ,6 + ,3 + ,1 + ,4 + ,5 + ,5 + ,5 + ,6 + ,4 + ,1 + ,4 + ,4 + ,4 + ,6 + ,6 + ,6 + ,2 + ,5 + ,5 + ,6 + ,5 + ,6 + ,2 + ,1 + ,4 + ,4 + ,5 + ,4 + ,5 + ,5 + ,1 + ,5 + ,4 + ,5 + ,4 + ,5 + ,5 + ,2 + ,5 + ,5 + ,3 + ,4 + ,5 + ,4 + ,2 + ,4 + ,5 + ,6 + ,5 + ,6 + ,2 + ,2 + ,4 + ,5 + ,6 + ,5 + ,4 + ,2 + ,2 + ,5 + ,5 + ,6 + ,5 + ,5 + ,3 + ,2 + ,5 + ,6 + ,6 + ,5 + ,6 + ,2 + ,2 + ,4 + ,5 + ,6 + ,5 + ,6 + ,2 + ,2 + ,4 + ,5 + ,6 + ,5 + ,6 + ,2 + ,2 + ,4 + ,5 + ,6 + ,5 + ,6 + ,2 + ,2 + ,4 + ,5 + ,5 + ,6 + ,7 + ,5 + ,1 + ,6 + ,7 + ,5 + ,6 + ,7 + ,5 + ,1 + ,6 + ,7 + ,5 + ,6 + ,6 + ,5 + ,1 + ,6 + ,7 + ,7 + ,7 + ,7 + ,4 + ,1 + ,5 + ,7 + ,5 + ,7 + ,7 + ,1 + ,1 + ,5 + ,7 + ,7 + ,4 + ,7 + ,1 + ,1 + ,4 + ,1 + ,5 + ,7 + ,7 + ,1 + ,1 + ,4 + ,4 + ,6 + ,7 + ,7 + ,1 + ,1 + ,4 + ,7 + ,1 + ,6 + ,7 + ,6 + ,1 + ,3 + ,5 + ,6 + ,5 + ,7 + ,4 + ,1 + ,2 + ,5 + ,6 + ,5 + ,6 + ,5 + ,4 + ,2 + ,6 + ,7 + ,6 + ,7 + ,5 + ,2 + ,5 + ,6 + ,4 + ,6 + ,7 + ,3 + ,1 + ,4 + ,3 + ,7 + ,7 + ,6 + ,5 + ,2 + ,6 + ,2 + ,7 + ,7 + ,5 + ,4 + ,1 + ,5 + ,4 + ,7 + ,6 + ,6 + ,4 + ,1 + ,4 + ,7 + ,5 + ,6 + ,6 + ,4 + ,1 + ,4 + ,6 + ,6 + ,5 + ,6 + ,4 + ,1 + ,3 + ,3 + ,6 + ,5 + ,5 + ,3 + ,1 + ,5 + ,3 + ,6 + ,6 + ,6 + ,3 + ,1 + ,4 + ,6 + ,6 + ,5 + ,4 + ,3 + ,1 + ,2 + ,7 + ,7 + ,2 + ,7 + ,1 + ,1 + ,6 + ,6 + ,7 + ,4 + ,7 + ,1 + ,1 + ,5 + ,5 + ,7 + ,6 + ,6 + ,5 + ,1 + ,6 + ,7 + ,7 + ,5 + ,6 + ,2 + ,1 + ,5 + ,6 + ,7 + ,5 + ,7 + ,2 + ,1 + ,5 + ,4 + ,6 + ,6 + ,7 + ,5 + ,1 + ,6 + ,2 + ,7 + ,6 + ,7 + ,4 + ,1 + ,4 + ,5 + ,5 + ,4 + ,6 + ,4 + ,1 + ,3 + ,5 + ,6 + ,5 + ,7 + ,4 + ,1 + ,4 + ,3 + ,6 + ,4 + ,7 + ,3 + ,1 + ,3 + ,3 + ,5 + ,6 + ,7 + ,3 + ,1 + ,3 + ,3 + ,6 + ,6 + ,7 + ,3 + ,1 + ,5 + ,3 + ,6 + ,6 + ,7 + ,2 + ,1 + ,5 + ,3 + ,6 + ,6 + ,7 + ,2 + ,1 + ,5 + ,3 + ,6 + ,6 + ,7 + ,1 + ,1 + ,5 + ,2 + ,5 + ,6 + ,6 + ,5 + ,1 + ,6 + ,7 + ,7 + ,6 + ,7 + ,6 + ,1 + ,7 + ,6 + ,6 + ,7 + ,7 + ,6 + ,1 + ,7 + ,7 + ,7 + ,7 + ,7 + ,6 + ,1 + ,7 + ,7 + ,4 + ,5 + ,6 + ,3 + ,2 + ,4 + ,5 + ,6 + ,5 + ,6 + ,3 + ,3 + ,4 + ,5 + ,6 + ,6 + ,6 + ,3 + ,2 + ,5 + ,5 + ,6 + ,5 + ,5 + ,2 + ,1 + ,4 + ,5 + ,7 + ,3 + ,4 + ,3 + ,1 + ,3 + ,7 + ,7 + ,3 + ,7 + ,2 + ,1 + ,1 + ,5 + ,7 + ,4 + ,6 + ,2 + ,1 + ,2 + ,5 + ,7 + ,3 + ,7 + ,2 + ,1 + ,2 + ,5 + ,7 + ,7 + ,7 + ,6 + ,1 + ,6 + ,7 + ,7 + ,6 + ,7 + ,6 + ,1 + ,6 + ,5 + ,7 + ,6 + ,7 + ,6 + ,1 + ,7 + ,4 + ,7 + ,7 + ,7 + ,6 + ,1 + ,6 + ,6 + ,6 + ,3 + ,7 + ,1 + ,1 + ,7 + ,7 + ,7 + ,5 + ,7 + ,2 + ,1 + ,7 + ,1 + ,7 + ,6 + ,7 + ,1 + ,1 + ,5 + ,6 + ,7 + ,6 + ,6 + ,1 + ,1 + ,7 + ,7 + ,6 + ,5 + ,6 + ,1 + ,2 + ,2 + ,6 + ,7 + ,5 + ,7 + ,6 + ,2 + ,4 + ,5 + ,6 + ,6 + ,6 + ,4 + ,2 + ,3 + ,6 + ,6 + ,6 + ,6 + ,4 + ,2 + ,4 + ,6 + ,2 + ,3 + ,3 + ,1 + ,1 + ,6 + ,5 + ,5 + ,3 + ,5 + ,1 + ,1 + ,5 + ,3 + ,5 + ,4 + ,5 + ,1 + ,1 + ,3 + ,4 + ,4 + ,4 + ,6 + ,2 + ,1 + ,5 + ,5 + ,7 + ,5 + ,7 + ,5 + ,1 + ,4 + ,7 + ,7 + ,5 + ,4 + ,4 + ,4 + ,4 + ,4 + ,7 + ,5 + ,7 + ,5 + ,1 + ,1 + ,6 + ,7 + ,6 + ,6 + ,5 + ,1 + ,6 + ,7 + ,5 + ,2 + ,5 + ,2 + ,1 + ,1 + ,4 + ,5 + ,1 + ,6 + ,1 + ,1 + ,1 + ,2 + ,5 + ,2 + ,5 + ,1 + ,1 + ,2 + ,3 + ,6 + ,2 + ,4 + ,2 + ,1 + ,1 + ,5 + ,4 + ,6 + ,7 + ,3 + ,1 + ,4 + ,7 + ,6 + ,5 + ,7 + ,4 + ,1 + ,4 + ,3 + ,7 + ,6 + ,7 + ,3 + ,1 + ,5 + ,2 + ,7 + ,6 + ,7 + ,3 + ,1 + ,3 + ,5 + ,7 + ,3 + ,6 + ,3 + ,1 + ,3 + ,7 + ,7 + ,4 + ,7 + ,2 + ,2 + ,2 + ,5 + ,6 + ,5 + ,6 + ,2 + ,1 + ,5 + ,5 + ,7 + ,5 + ,7 + ,4 + ,1 + ,4 + ,6 + ,1 + ,6 + ,5 + ,5 + ,1 + ,6 + ,7 + ,6 + ,6 + ,7 + ,5 + ,1 + ,6 + ,5 + ,2 + ,6 + ,6 + ,6 + ,1 + ,7 + ,5 + ,5 + ,7 + ,5 + ,1 + ,1 + ,5 + ,7 + ,1 + ,6 + ,5 + ,5 + ,1 + ,6 + ,7 + ,6 + ,6 + ,7 + ,5 + ,1 + ,6 + ,5 + ,2 + ,6 + ,6 + ,6 + ,1 + ,7 + ,5 + ,5 + ,7 + ,5 + ,1 + ,1 + ,5 + ,7 + ,7 + ,5 + ,6 + ,1 + ,1 + ,3 + ,3 + ,6 + ,4 + ,6 + ,1 + ,1 + ,3 + ,2 + ,7 + ,5 + ,2 + ,1 + ,1 + ,2 + ,1 + ,7 + ,5 + ,6 + ,2 + ,1 + ,1 + ,2 + ,4 + ,5 + ,5 + ,2 + ,1 + ,6 + ,7 + ,6 + ,4 + ,2 + ,1 + ,1 + ,5 + ,4 + ,4 + ,5 + ,2 + ,2 + ,1 + ,4 + ,5 + ,6 + ,6 + ,2 + ,4 + ,1 + ,4 + ,6 + ,5 + ,7 + ,6 + ,3 + ,1 + ,4 + ,5 + ,6 + ,5 + ,6 + ,4 + ,1 + ,5 + ,6 + ,4 + ,5 + ,5 + ,4 + ,1 + ,5 + ,6 + ,6 + ,6 + ,7 + ,4 + ,1 + ,5 + ,6 + ,5 + ,6 + ,6 + ,5 + ,1 + ,7 + ,7 + ,6 + ,4 + ,7 + ,4 + ,1 + ,6 + ,6 + ,5 + ,6 + ,6 + ,4 + ,1 + ,6 + ,5 + ,6 + ,6 + ,6 + ,4 + ,1 + ,6 + ,7 + ,5 + ,5 + ,5 + ,3 + ,1 + ,4 + ,5 + ,5 + ,5 + ,6 + ,5 + ,1 + ,5 + ,4 + ,5 + ,6 + ,6 + ,4 + ,1 + ,5 + ,6 + ,6 + ,6 + ,6 + ,5 + ,1 + ,5 + ,6 + ,4 + ,5 + ,4 + ,5 + ,4 + ,4 + ,5 + ,3 + ,6 + ,4 + ,5 + ,6 + ,4 + ,6 + ,4 + ,5 + ,4 + ,4 + ,3 + ,5 + ,7 + ,1 + ,5 + ,6 + ,6 + ,2 + ,5 + ,6 + ,5 + ,4 + ,5 + ,3 + ,3 + ,3 + ,4 + ,3 + ,3 + ,5 + ,3 + ,3 + ,4 + ,3 + ,7 + ,4 + ,4 + ,3 + ,3 + ,4 + ,4 + ,5 + ,4 + ,6 + ,3 + ,1 + ,4 + ,4 + ,5 + ,4 + ,4 + ,2 + ,1 + ,4 + ,5 + ,5 + ,5 + ,5 + ,1 + ,1 + ,1 + ,6 + ,7 + ,6 + ,5 + ,1 + ,1 + ,3 + ,5 + ,7 + ,5 + ,6 + ,3 + ,1 + ,4 + ,6 + ,4 + ,6 + ,6 + ,4 + ,2 + ,6 + ,6 + ,6 + ,5 + ,6 + ,5 + ,2 + ,5 + ,3 + ,4 + ,5 + ,6 + ,3 + ,2 + ,6) + ,dim=c(28 + ,36) + ,dimnames=list(c('Q1_1' + ,'Q1_2' + ,'Q1_3' + ,'Q1_4' + ,'Q1_5' + ,'Q1_6' + ,'Q1_7' + ,'Q1_8' + ,'Q1_9' + ,'Q1_10' + ,'Q1_11' + ,'Q1_12' + ,'Q1_13' + ,'Q1_14' + ,'Q1_15' + ,'Q1_16' + ,'Q1_17' + ,'Q1_18' + ,'Q1_19' + ,'Q1_20' + ,'Q1_21' + ,'Q1_22' + ,'Q1_23' + ,'Q1_24' + ,'Q1_25' + ,'Q1_26' + ,'Q1_27' + ,'Q1_28') + ,1:36)) > y <- array(NA,dim=c(28,36),dimnames=list(c('Q1_1','Q1_2','Q1_3','Q1_4','Q1_5','Q1_6','Q1_7','Q1_8','Q1_9','Q1_10','Q1_11','Q1_12','Q1_13','Q1_14','Q1_15','Q1_16','Q1_17','Q1_18','Q1_19','Q1_20','Q1_21','Q1_22','Q1_23','Q1_24','Q1_25','Q1_26','Q1_27','Q1_28'),1:36)) > for (i in 1:dim(x)[1]) + { + for (j in 1:dim(x)[2]) + { + y[i,j] <- as.numeric(x[i,j]) + } + } > par1 = '1 2 3 4 5 6 7' > docor <- function(x,y,method) { + r <- cor.test(x,y,method=method) + paste(round(r$estimate,3),' (',round(r$p.value,3),')',sep='') + } > x <- t(x) > nx <- length(x[,1]) > cx <- length(x[1,]) > mymedian <- median(as.numeric(strsplit(par1,' ')[[1]])) > myresult <- array(NA, dim = c(cx,7)) > rownames(myresult) <- paste('Q',1:cx,sep='') > colnames(myresult) <- c('mean','Sum of
positives (Ps)','Sum of
negatives (Ns)', '(Ps-Ns)/(Ps+Ns)', 'Count of
positives (Pc)', 'Count of
negatives (Nc)', '(Pc-Nc)/(Pc+Nc)') > for (i in 1:cx) { + spos <- 0 + sneg <- 0 + cpos <- 0 + cneg <- 0 + for (j in 1:nx) { + if (!is.na(x[j,i])) { + myx <- as.numeric(x[j,i]) - mymedian + if (myx > 0) { + spos = spos + myx + cpos = cpos + 1 + } + if (myx < 0) { + sneg = sneg + abs(myx) + cneg = cneg + 1 + } + } + } + myresult[i,1] <- round(mean(as.numeric(x[,i]),na.rm=T)-mymedian,2) + myresult[i,2] <- spos + myresult[i,3] <- sneg + myresult[i,4] <- round((spos - sneg) / (spos + sneg),2) + myresult[i,5] <- cpos + myresult[i,6] <- cneg + myresult[i,7] <- round((cpos - cneg) / (cpos + cneg),2) + } > myresult mean Sum of
positives (Ps) Sum of
negatives (Ns) (Ps-Ns)/(Ps+Ns) Q1 0.78 40 12 0.54 Q2 1.14 47 6 0.77 Q3 1.78 65 1 0.97 Q4 -0.56 15 35 -0.40 Q5 -2.69 0 97 -1.00 Q6 0.39 27 13 0.35 Q7 1.72 65 3 0.91 Q8 2.00 74 2 0.95 Q9 0.81 37 8 0.64 Q10 2.19 81 2 0.95 Q11 -0.67 15 39 -0.44 Q12 -2.50 2 92 -0.96 Q13 0.42 30 15 0.33 Q14 0.06 25 23 0.04 Q15 1.58 61 4 0.88 Q16 1.33 50 2 0.92 Q17 1.64 63 4 0.88 Q18 -0.75 13 40 -0.51 Q19 -2.67 0 96 -1.00 Q20 0.50 33 15 0.38 Q21 0.61 33 11 0.50 Q22 2.08 78 3 0.93 Q23 1.58 60 3 0.90 Q24 2.00 74 2 0.95 Q25 -0.67 12 36 -0.50 Q26 -2.72 1 99 -0.98 Q27 0.53 29 10 0.49 Q28 1.64 64 5 0.86 Count of
positives (Pc) Count of
negatives (Nc) (Pc-Nc)/(Pc+Nc) Q1 23 5 0.64 Q2 27 5 0.69 Q3 31 1 0.94 Q4 11 20 -0.29 Q5 0 35 -1.00 Q6 15 9 0.25 Q7 31 3 0.82 Q8 34 2 0.89 Q9 26 5 0.68 Q10 33 1 0.94 Q11 11 17 -0.21 Q12 1 34 -0.94 Q13 17 7 0.42 Q14 17 14 0.10 Q15 30 2 0.88 Q16 29 1 0.93 Q17 30 2 0.88 Q18 9 20 -0.38 Q19 0 35 -1.00 Q20 21 9 0.40 Q21 21 7 0.50 Q22 34 1 0.94 Q23 31 2 0.88 Q24 34 1 0.94 Q25 9 18 -0.33 Q26 1 35 -0.94 Q27 19 5 0.58 Q28 31 3 0.82 > > #Note: the /var/wessaorg/rcomp/createtable file can be downloaded at http://www.wessa.net/cretab > load(file="/var/wessaorg/rcomp/createtable") > > a<-table.start() > a<-table.row.start(a) > a<-table.element(a,'Summary of survey scores (median of Likert score was subtracted)',8,TRUE) > a<-table.row.end(a) > a<-table.row.start(a) > a<-table.element(a,'Question',header=TRUE) > for (i in 1:7) { + a<-table.element(a,colnames(myresult)[i],header=TRUE) + } > a<-table.row.end(a) > for (i in 1:cx) { + a<-table.row.start(a) + a<-table.element(a,i,header=TRUE) + for (j in 1:7) { + a<-table.element(a,myresult[i,j],align='right') + } + a<-table.row.end(a) + } > a<-table.end(a) > table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/1l9cp1318586105.tab") > a<-table.start() > a<-table.row.start(a) > a<-table.element(a,'Pearson correlations of survey scores (and p-values)',4,TRUE) > a<-table.row.end(a) > a<-table.row.start(a) > a<-table.element(a,'',header=TRUE) > a<-table.element(a,'mean',header=TRUE) > a<-table.element(a,'(Ps-Ns)/(Ps+Ns)',header=TRUE) > a<-table.element(a,'(Pc-Nc)/(Pc+Nc)',header=TRUE) > a<-table.row.end(a) > a<-table.row.start(a) > a<-table.element(a,'mean',header=TRUE) > a<-table.element(a,docor(myresult[,1],myresult[,1],method='pearson'),align='right') > a<-table.element(a,docor(myresult[,1],myresult[,4],method='pearson'),align='right') > a<-table.element(a,docor(myresult[,1],myresult[,7],method='pearson'),align='right') > a<-table.row.end(a) > a<-table.row.start(a) > a<-table.element(a,'(Ps-Ns)/(Ps+Ns)',header=TRUE) > a<-table.element(a,docor(myresult[,4],myresult[,1],method='pearson'),align='right') > a<-table.element(a,docor(myresult[,4],myresult[,4],method='pearson'),align='right') > a<-table.element(a,docor(myresult[,4],myresult[,7],method='pearson'),align='right') > a<-table.row.end(a) > a<-table.row.start(a) > a<-table.element(a,'(Pc-Nc)/(Pc+Nc)',header=TRUE) > a<-table.element(a,docor(myresult[,7],myresult[,1],method='pearson'),align='right') > a<-table.element(a,docor(myresult[,7],myresult[,4],method='pearson'),align='right') > a<-table.element(a,docor(myresult[,7],myresult[,7],method='pearson'),align='right') > a<-table.row.end(a) > a<-table.end(a) > table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/2tjs01318586105.tab") > a<-table.start() > a<-table.row.start(a) > a<-table.element(a,'Kendall tau rank correlations of survey scores (and p-values)',4,TRUE) > a<-table.row.end(a) > a<-table.row.start(a) > a<-table.element(a,'',header=TRUE) > a<-table.element(a,'mean',header=TRUE) > a<-table.element(a,'(Ps-Ns)/(Ps+Ns)',header=TRUE) > a<-table.element(a,'(Pc-Nc)/(Pc+Nc)',header=TRUE) > a<-table.row.end(a) > a<-table.row.start(a) > a<-table.element(a,'mean',header=TRUE) > a<-table.element(a,docor(myresult[,1],myresult[,1],method='kendall'),align='right') Warning message: In cor.test.default(x, y, method = method) : Cannot compute exact p-value with ties > a<-table.element(a,docor(myresult[,1],myresult[,4],method='kendall'),align='right') Warning message: In cor.test.default(x, y, method = method) : Cannot compute exact p-value with ties > a<-table.element(a,docor(myresult[,1],myresult[,7],method='kendall'),align='right') Warning message: In cor.test.default(x, y, method = method) : Cannot compute exact p-value with ties > a<-table.row.end(a) > a<-table.row.start(a) > a<-table.element(a,'(Ps-Ns)/(Ps+Ns)',header=TRUE) > a<-table.element(a,docor(myresult[,4],myresult[,1],method='kendall'),align='right') Warning message: In cor.test.default(x, y, method = method) : Cannot compute exact p-value with ties > a<-table.element(a,docor(myresult[,4],myresult[,4],method='kendall'),align='right') Warning message: In cor.test.default(x, y, method = method) : Cannot compute exact p-value with ties > a<-table.element(a,docor(myresult[,4],myresult[,7],method='kendall'),align='right') Warning message: In cor.test.default(x, y, method = method) : Cannot compute exact p-value with ties > a<-table.row.end(a) > a<-table.row.start(a) > a<-table.element(a,'(Pc-Nc)/(Pc+Nc)',header=TRUE) > a<-table.element(a,docor(myresult[,7],myresult[,1],method='kendall'),align='right') Warning message: In cor.test.default(x, y, method = method) : Cannot compute exact p-value with ties > a<-table.element(a,docor(myresult[,7],myresult[,4],method='kendall'),align='right') Warning message: In cor.test.default(x, y, method = method) : Cannot compute exact p-value with ties > a<-table.element(a,docor(myresult[,7],myresult[,7],method='kendall'),align='right') Warning message: In cor.test.default(x, y, method = method) : Cannot compute exact p-value with ties > a<-table.row.end(a) > a<-table.end(a) > table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/312an1318586105.tab") > > > > proc.time() user system elapsed 0.540 0.058 0.586