R version 2.13.0 (2011-04-13)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> x <- array(list(89
+ ,87
+ ,81
+ ,89
+ ,83
+ ,77
+ ,90
+ ,84
+ ,91
+ ,75
+ ,102
+ ,73
+ ,82
+ ,84
+ ,96
+ ,77
+ ,75
+ ,81
+ ,82
+ ,86
+ ,85
+ ,73
+ ,92
+ ,93
+ ,71
+ ,84
+ ,74
+ ,87
+ ,94
+ ,87
+ ,80
+ ,86
+ ,78
+ ,72
+ ,88
+ ,73
+ ,62
+ ,86
+ ,71
+ ,83
+ ,77
+ ,82
+ ,77
+ ,93
+ ,72
+ ,90
+ ,63
+ ,81
+ ,80
+ ,81
+ ,87
+ ,67
+ ,73
+ ,83
+ ,87
+ ,79
+ ,72
+ ,80
+ ,85
+ ,75
+ ,96
+ ,94
+ ,90
+ ,92
+ ,80
+ ,86
+ ,80
+ ,87
+ ,87
+ ,78
+ ,77
+ ,84
+ ,85
+ ,91
+ ,89
+ ,73
+ ,67
+ ,86
+ ,89
+ ,85
+ ,110
+ ,91
+ ,98
+ ,86
+ ,89
+ ,83
+ ,95
+ ,90
+ ,89
+ ,82
+ ,73
+ ,86
+ ,72
+ ,86
+ ,63
+ ,92
+ ,88
+ ,86
+ ,70
+ ,90
+ ,97
+ ,88
+ ,86
+ ,85
+ ,79
+ ,98
+ ,77
+ ,83
+ ,83
+ ,88
+ ,92
+ ,89
+ ,96
+ ,82
+ ,91
+ ,83
+ ,93
+ ,84
+ ,84
+ ,90
+ ,98
+ ,83
+ ,97
+ ,84
+ ,94
+ ,86
+ ,80
+ ,95
+ ,75
+ ,84
+ ,70
+ ,82
+ ,84
+ ,92
+ ,88
+ ,89
+ ,100
+ ,92
+ ,90
+ ,95
+ ,105
+ ,81
+ ,88
+ ,84
+ ,92
+ ,86
+ ,82
+ ,87
+ ,97
+ ,94
+ ,86
+ ,94
+ ,89
+ ,94
+ ,78
+ ,83
+ ,117
+ ,88
+ ,114
+ ,90
+ ,108
+ ,94
+ ,88
+ ,105
+ ,81
+ ,105
+ ,81
+ ,83
+ ,86
+ ,91
+ ,73
+ ,91
+ ,96
+ ,88
+ ,78
+ ,95
+ ,82
+ ,84
+ ,84
+ ,82
+ ,104
+ ,83
+ ,110
+ ,79
+ ,104
+ ,93
+ ,89
+ ,69
+ ,93
+ ,80
+ ,87
+ ,73
+ ,99
+ ,88
+ ,114
+ ,107
+ ,98
+ ,92
+ ,84
+ ,86
+ ,91
+ ,90
+ ,89
+ ,83
+ ,89
+ ,84
+ ,97
+ ,84
+ ,93
+ ,77
+ ,95
+ ,92
+ ,97
+ ,100
+ ,89
+ ,89
+ ,58
+ ,88
+ ,68
+ ,86
+ ,63
+ ,100
+ ,77
+ ,87
+ ,72
+ ,98
+ ,84
+ ,94
+ ,77
+ ,105
+ ,81
+ ,100
+ ,82
+ ,89
+ ,98
+ ,85
+ ,102
+ ,82
+ ,105
+ ,84
+ ,58
+ ,88
+ ,62
+ ,96
+ ,70
+ ,79
+ ,81
+ ,92
+ ,102
+ ,84
+ ,94
+ ,104
+ ,92
+ ,88
+ ,84
+ ,98
+ ,101
+ ,96
+ ,94
+ ,93
+ ,75
+ ,89
+ ,83
+ ,90
+ ,87
+ ,90
+ ,102
+ ,83
+ ,88
+ ,90
+ ,75
+ ,89
+ ,62
+ ,87
+ ,69
+ ,82
+ ,80
+ ,104
+ ,100
+ ,103
+ ,94
+ ,93
+ ,84
+ ,97
+ ,82
+ ,90
+ ,82
+ ,98
+ ,87
+ ,104
+ ,78
+ ,69
+ ,82
+ ,100
+ ,114
+ ,88
+ ,106
+ ,89
+ ,109
+ ,95
+ ,97
+ ,101
+ ,88
+ ,105
+ ,86
+ ,95
+ ,102
+ ,102
+ ,85
+ ,91
+ ,99
+ ,89
+ ,80
+ ,84
+ ,97
+ ,85
+ ,82
+ ,91
+ ,112
+ ,88
+ ,114
+ ,94
+ ,114
+ ,91
+ ,104
+ ,99
+ ,105
+ ,83
+ ,99
+ ,98
+ ,75
+ ,101
+ ,100
+ ,107
+ ,91
+ ,85
+ ,82
+ ,102
+ ,72
+ ,94
+ ,81
+ ,93
+ ,92
+ ,90
+ ,106
+ ,88
+ ,102
+ ,90
+ ,102
+ ,95
+ ,78
+ ,105
+ ,101
+ ,92
+ ,73
+ ,89
+ ,80
+ ,94
+ ,72
+ ,98
+ ,78
+ ,87
+ ,88
+ ,111
+ ,91
+ ,96
+ ,74
+ ,87
+ ,62
+ ,90
+ ,83
+ ,97
+ ,92
+ ,94
+ ,93
+ ,95
+ ,102
+ ,89
+ ,97
+ ,79
+ ,87
+ ,97
+ ,103
+ ,89
+ ,92
+ ,87
+ ,109
+ ,89
+ ,93
+ ,98
+ ,91
+ ,92
+ ,91
+ ,92
+ ,88
+ ,92
+ ,102
+ ,93
+ ,110
+ ,96
+ ,110
+ ,101
+ ,89
+ ,101
+ ,98
+ ,94
+ ,100
+ ,93
+ ,98
+ ,93
+ ,99
+ ,89
+ ,88
+ ,90
+ ,117
+ ,103
+ ,95
+ ,106
+ ,119
+ ,84
+ ,92
+ ,90
+ ,97
+ ,95
+ ,98
+ ,93
+ ,70
+ ,102
+ ,88
+ ,88
+ ,90
+ ,84
+ ,63
+ ,88
+ ,72
+ ,104
+ ,69
+ ,88
+ ,91
+ ,97
+ ,102
+ ,97
+ ,98
+ ,96
+ ,106
+ ,100
+ ,95
+ ,96
+ ,98
+ ,92
+ ,81
+ ,105
+ ,93
+ ,101
+ ,81
+ ,107
+ ,98
+ ,93
+ ,90
+ ,87
+ ,93
+ ,92
+ ,88
+ ,94
+ ,80
+ ,96
+ ,91
+ ,107
+ ,95
+ ,105
+ ,75
+ ,110
+ ,86
+ ,104
+ ,105
+ ,108
+ ,109
+ ,84
+ ,95
+ ,97
+ ,90
+ ,113
+ ,75
+ ,94
+ ,87
+ ,100
+ ,58
+ ,113
+ ,72
+ ,111
+ ,63
+ ,107
+ ,86
+ ,95
+ ,77
+ ,102
+ ,89
+ ,102
+ ,112
+ ,91
+ ,93
+ ,96
+ ,108
+ ,99
+ ,71
+ ,NA
+ ,72
+ ,NA
+ ,99
+ ,NA
+ ,98
+ ,NA
+ ,91
+ ,NA
+ ,90
+ ,NA
+ ,87
+ ,NA
+ ,95
+ ,NA
+ ,91
+ ,NA
+ ,98
+ ,NA
+ ,111
+ ,NA
+ ,82
+ ,NA
+ ,117
+ ,NA
+ ,105
+ ,NA
+ ,119
+ ,NA
+ ,98
+ ,NA
+ ,90
+ ,NA
+ ,97
+ ,NA
+ ,98
+ ,NA
+ ,105
+ ,NA
+ ,108
+ ,NA
+ ,90
+ ,NA
+ ,90
+ ,NA
+ ,101
+ ,NA
+ ,84
+ ,NA
+ ,92
+ ,NA
+ ,96
+ ,NA
+ ,86
+ ,NA
+ ,95
+ ,NA
+ ,97
+ ,NA
+ ,68
+ ,NA
+ ,75
+ ,NA
+ ,69
+ ,NA
+ ,86
+ ,NA
+ ,92
+ ,NA
+ ,89
+ ,NA
+ ,77
+ ,NA
+ ,100
+ ,NA
+ ,84
+ ,NA
+ ,83
+ ,NA
+ ,82
+ ,NA
+ ,79
+ ,NA
+ ,90
+ ,NA
+ ,102
+ ,NA
+ ,103
+ ,NA
+ ,107
+ ,NA
+ ,104
+ ,NA
+ ,92
+ ,NA
+ ,102
+ ,NA
+ ,98
+ ,NA
+ ,104
+ ,NA
+ ,90
+ ,NA
+ ,95
+ ,NA
+ ,102
+ ,NA
+ ,113
+ ,NA
+ ,114
+ ,NA
+ ,106
+ ,NA
+ ,86
+ ,NA
+ ,93
+ ,NA
+ ,93
+ ,NA
+ ,105
+ ,NA
+ ,110
+ ,NA
+ ,108
+ ,NA
+ ,110
+ ,NA
+ ,104
+ ,NA
+ ,119
+ ,NA
+ ,82
+ ,NA
+ ,91
+ ,NA
+ ,102
+ ,NA
+ ,89
+ ,NA
+ ,79
+ ,NA
+ ,83
+ ,NA
+ ,99
+ ,NA
+ ,97
+ ,NA
+ ,92
+ ,NA
+ ,113
+ ,NA
+ ,102
+ ,NA
+ ,119
+ ,NA
+ ,91
+ ,NA
+ ,77
+ ,NA
+ ,100
+ ,NA
+ ,92
+ ,NA
+ ,105
+ ,NA
+ ,97
+ ,NA
+ ,86
+ ,NA
+ ,95
+ ,NA
+ ,103
+ ,NA
+ ,91
+ ,NA
+ ,104
+ ,NA
+ ,95
+ ,NA
+ ,82
+ ,NA
+ ,75
+ ,NA
+ ,73
+ ,NA
+ ,86
+ ,NA
+ ,82
+ ,NA
+ ,86
+ ,NA
+ ,86
+ ,NA
+ ,91
+ ,NA
+ ,88
+ ,NA
+ ,102
+ ,NA
+ ,105
+ ,NA
+ ,102
+ ,NA
+ ,84
+ ,NA
+ ,71
+ ,NA
+ ,87
+ ,NA
+ ,80
+ ,NA
+ ,89
+ ,NA
+ ,100
+ ,NA
+ ,96
+ ,NA
+ ,79
+ ,NA
+ ,88
+ ,NA
+ ,117
+ ,NA
+ ,113
+ ,NA
+ ,100
+ ,NA
+ ,88
+ ,NA
+ ,82
+ ,NA
+ ,79
+ ,NA
+ ,99
+ ,NA
+ ,102
+ ,NA
+ ,90
+ ,NA
+ ,89
+ ,NA
+ ,82
+ ,NA
+ ,83
+ ,NA
+ ,86
+ ,NA
+ ,92
+ ,NA
+ ,95
+ ,NA
+ ,98
+ ,NA
+ ,82
+ ,NA
+ ,89
+ ,NA
+ ,58
+ ,NA
+ ,86
+ ,NA
+ ,64
+ ,NA
+ ,98
+ ,NA
+ ,108
+ ,NA
+ ,108
+ ,NA
+ ,58
+ ,NA
+ ,74
+ ,NA
+ ,80
+ ,NA
+ ,81
+ ,NA
+ ,87
+ ,NA
+ ,83
+ ,NA
+ ,90
+ ,NA
+ ,97
+ ,NA
+ ,96
+ ,NA
+ ,112
+ ,NA
+ ,102
+ ,NA
+ ,108
+ ,NA
+ ,84
+ ,NA
+ ,75
+ ,NA
+ ,86
+ ,NA
+ ,84
+ ,NA
+ ,82
+ ,NA
+ ,88
+ ,NA
+ ,75
+ ,NA
+ ,72
+ ,NA
+ ,97
+ ,NA
+ ,78
+ ,NA
+ ,88
+ ,NA
+ ,110
+ ,NA
+ ,94
+ ,NA
+ ,97
+ ,NA
+ ,102
+ ,NA
+ ,75
+ ,NA
+ ,85
+ ,NA
+ ,92
+ ,NA
+ ,82
+ ,NA
+ ,62
+ ,NA
+ ,91
+ ,NA
+ ,87
+ ,NA
+ ,95
+ ,NA
+ ,92
+ ,NA
+ ,59
+ ,NA
+ ,95
+ ,NA
+ ,72
+ ,NA
+ ,68
+ ,NA
+ ,72
+ ,NA
+ ,88
+ ,NA
+ ,80
+ ,NA
+ ,92
+ ,NA
+ ,99
+ ,NA
+ ,94
+ ,NA
+ ,91
+ ,NA
+ ,95
+ ,NA
+ ,87
+ ,NA
+ ,97
+ ,NA
+ ,83
+ ,NA
+ ,70
+ ,NA
+ ,78
+ ,NA
+ ,68
+ ,NA
+ ,113
+ ,NA
+ ,95
+ ,NA
+ ,101
+ ,NA
+ ,99
+ ,NA
+ ,91
+ ,NA
+ ,91
+ ,NA
+ ,90
+ ,NA
+ ,95
+ ,NA
+ ,89
+ ,NA
+ ,102
+ ,NA
+ ,88
+ ,NA
+ ,98
+ ,NA
+ ,80
+ ,NA
+ ,92
+ ,NA
+ ,89
+ ,NA
+ ,98
+ ,NA
+ ,97
+ ,NA
+ ,98
+ ,NA
+ ,98
+ ,NA
+ ,104
+ ,NA
+ ,97
+ ,NA
+ ,95
+ ,NA
+ ,113
+ ,NA
+ ,98
+ ,NA
+ ,104
+ ,NA
+ ,113
+ ,NA
+ ,113
+ ,NA
+ ,86
+ ,NA
+ ,82
+ ,NA
+ ,83
+ ,NA
+ ,84
+ ,NA
+ ,90
+ ,NA
+ ,92
+ ,NA
+ ,85
+ ,NA
+ ,91
+ ,NA
+ ,113
+ ,NA
+ ,90
+ ,NA
+ ,95
+ ,NA
+ ,103
+ ,NA
+ ,86
+ ,NA
+ ,102
+ ,NA
+ ,96
+ ,NA
+ ,97
+ ,NA
+ ,92
+ ,NA
+ ,94
+ ,NA)
+ ,dim=c(6
+ ,162)
+ ,dimnames=list(c('WJ7ARD'
+ ,'WJ10ARD'
+ ,'WJ7AMA'
+ ,'WJ10AMA'
+ ,'WJ7AKN'
+ ,'WJ10AKN
')
+ ,1:162))
>  y <- array(NA,dim=c(6,162),dimnames=list(c('WJ7ARD','WJ10ARD','WJ7AMA','WJ10AMA','WJ7AKN','WJ10AKN
'),1:162))
>  for (i in 1:dim(x)[1])
+  {
+  	for (j in 1:dim(x)[2])
+  	{
+  		y[i,j] <- as.numeric(x[i,j])
+  	}
+  }
> par3 = '0'
> par2 = 'FALSE'
> par1 = '3'
> ylab = 'Test Scores'
> xlab = 'CARE Variable Names'
> main = 'CARE DATA'
> par1 <- as.numeric(par1) #colour
> par2<- as.logical(par2) # Notches ?
> par3<-as.numeric(par3) # % trim
> if(par3>45){par3<-45;warning('trim limited to 45%')}
> if(par3<0){par3<-0;warning('negative trim makes no sense. Trim is zero.')}
> lotrm<-as.integer(length(y[1,])*par3/100)+1
> hitrm<-as.integer(length(y[1,])*(100-par3)/100)
> y1<-array(dim=c(dim(y)[1], hitrm-lotrm+1), dimnames=list(dimnames(y)[[1]], 1:(hitrm-lotrm+1) ))
> for(i in 1:dim(y)[1]){
+ tmp<-order(y[i,])
+ y1[i,]<- y[i, tmp[lotrm:hitrm] ]
+ }
> postscript(file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/19bys1319533473.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) 
> pairs(t(y))
Warning messages:
1: In strwidth(labels, "user") : font width unknown for character 0xd
2: In text.default(x, y, txt, cex = cex, font = font) :
  font width unknown for character 0xd
3: In text.default(x, y, txt, cex = cex, font = font) :
  font metrics unknown for character 0xd
> dev.off()
null device 
          1 
> y<-y1
> z <- as.data.frame(t(y))
> postscript(file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/2cb9d1319533473.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) 
> (r<-boxplot(z ,xlab=xlab,ylab=ylab,main=main,notch=par2,col=par1))
$stats
      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,]  58.0   79   62   67   63   73
[2,]  82.0   86   81   84   83   84
[3,]  88.5   90   91   90   92   90
[4,]  98.0   95   98   96   99   95
[5,] 117.0  108  114  111  119  107

$n
[1] 162  84 162  84 162  84

$conf
         [,1]     [,2]     [,3]     [,4]     [,5]     [,6]
[1,] 86.51382 88.44847 88.88968 87.93129 90.01382 88.10369
[2,] 90.48618 91.55153 93.11032 92.06871 93.98618 91.89631

$out
[1]  69 113 113

$group
[1] 2 2 2

$names
[1] "WJ7ARD"    "WJ10ARD"   "WJ7AMA"    "WJ10AMA"   "WJ7AKN"    "WJ10AKN\r"

Warning messages:
1: In axis(side = 1, at = 1:6, labels = c("WJ7ARD", "WJ10ARD", "WJ7AMA",  :
  font width unknown for character 0xd
2: In axis(side = 1, at = 1:6, labels = c("WJ7ARD", "WJ10ARD", "WJ7AMA",  :
  font width unknown for character 0xd
> dev.off()
null device 
          1 
> 
> #Note: the /var/wessaorg/rcomp/createtable file can be downloaded at http://www.wessa.net/cretab
> load(file="/var/wessaorg/rcomp/createtable")
> 
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/overview.htm','Boxplot statistics','Boxplot overview'),6,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Variable',1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/lower_whisker.htm','lower whisker','definition of lower whisker'),1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/lower_hinge.htm','lower hinge','definition of lower hinge'),1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/central_tendency.htm','median','definitions about measures of central tendency'),1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/upper_hinge.htm','upper hinge','definition of upper hinge'),1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/upper_whisker.htm','upper whisker','definition of upper whisker'),1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> for (i in 1:length(y[,1]))
+ {
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,dimnames(t(x))[[2]][i],1,TRUE)
+ for (j in 1:5)
+ {
+ a<-table.element(a,round(r$stats[j,i], digits=2))
+ }
+ a<-table.row.end(a)
+ }
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/31ojh1319533473.tab") 
> if (par2){
+ a<-table.start()
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,'Boxplot Notches',4,TRUE)
+ a<-table.row.end(a)
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,'Variable',1,TRUE)
+ a<-table.element(a,'lower bound',1,TRUE)
+ a<-table.element(a,'median',1,TRUE)
+ a<-table.element(a,'upper bound',1,TRUE)
+ a<-table.row.end(a)
+ for (i in 1:length(y[,1]))
+ {
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,dimnames(t(x))[[2]][i],1,TRUE)
+ a<-table.element(a,round(r$conf[1,i], digits=2))
+ a<-table.element(a, round(r$stats[3,i], digits=2))
+ a<-table.element(a,round(r$conf[2,i], digits=2))
+ a<-table.row.end(a)
+ }
+ a<-table.end(a)
+ table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/4gymh1319533473.tab") 
+ }
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Boxplot Means',4,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Variable',1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/trimmed_mean.htm','trimmed mean','definition of trimmed mean'),1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/unbiased1.htm','unbiased SD','definition of unbiased SD'),1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> for (i in 1:length(y[,1]))
+ {
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,dimnames(t(x))[[2]][i],1,TRUE)
+ a<-table.element(a,round(mean(z[i], trim=par3/100, na.rm=TRUE), digits=2))
+ a<-table.element(a,round(sd(z[i], na.rm=TRUE), digits=2))
+ a<-table.row.end(a)
+ }
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/5k7vm1319533473.tab") 
> 
> try(system("convert tmp/19bys1319533473.ps tmp/19bys1319533473.png",intern=TRUE))
character(0)
> try(system("convert tmp/2cb9d1319533473.ps tmp/2cb9d1319533473.png",intern=TRUE))
character(0)
> 
> 
> proc.time()
   user  system elapsed 
  1.242   0.141   1.405