x <- array(list(1 ,86 ,88 ,3 ,86 ,94 ,3 ,103 ,90 ,3 ,74 ,73 ,1 ,63 ,68 ,2 ,82 ,80 ,3 ,93 ,86 ,3 ,77 ,86 ,2 ,111 ,91 ,1 ,71 ,79 ,1 ,103 ,96 ,3 ,89 ,92 ,3 ,75 ,72 ,3 ,88 ,96 ,1 ,84 ,70 ,3 ,85 ,86 ,3 ,70 ,87 ,3 ,104 ,88 ,2 ,88 ,79 ,2 ,77 ,90 ,1 ,77 ,95 ,1 ,72 ,85 ,3 ,83 ,90 ,1 ,110 ,115 ,1 ,91 ,84 ,3 ,80 ,79 ,1 ,91 ,94 ,2 ,86 ,97 ,3 ,85 ,86 ,2 ,107 ,111 ,2 ,93 ,87 ,3 ,87 ,98 ,1 ,84 ,87 ,3 ,73 ,68 ,3 ,84 ,88 ,1 ,86 ,82 ,2 ,99 ,111 ,1 ,75 ,75 ,1 ,87 ,94 ,2 ,79 ,95 ,1 ,82 ,80 ,1 ,95 ,95 ,3 ,84 ,68 ,2 ,85 ,94 ,2 ,95 ,88 ,1 ,63 ,84 ,1 ,85 ,101 ,1 ,86 ,98 ,2 ,75 ,78 ,3 ,98 ,109 ,3 ,71 ,102 ,3 ,63 ,81 ,3 ,71 ,97 ,2 ,84 ,75 ,2 ,81 ,97 ,3 ,79 ,101 ,3 ,63 ,101 ,2 ,93 ,95 ,2 ,92 ,95 ,3 ,83 ,95 ,2 ,80 ,90 ,3 ,111 ,107 ,3 ,92 ,92 ,2 ,79 ,86 ,2 ,69 ,70 ,3 ,83 ,95 ,3 ,80 ,96 ,2 ,91 ,91 ,1 ,97 ,87 ,2 ,85 ,92 ,2 ,85 ,97 ,2 ,99 ,102 ,2 ,67 ,91 ,3 ,87 ,68 ,2 ,68 ,88 ,3 ,81 ,97 ,1 ,80 ,90 ,3 ,93 ,101 ,3 ,93 ,94 ,1 ,102 ,101 ,1 ,104 ,109 ,2 ,90 ,100 ,1 ,85 ,103 ,3 ,92 ,94 ,1 ,82 ,97 ,3 ,85 ,85 ,2 ,89 ,75 ,3 ,77 ,77 ,1 ,79 ,87 ,1 ,76 ,78 ,2 ,101 ,108 ,3 ,81 ,97 ,1 ,92 ,105 ,3 ,89 ,106 ,1 ,81 ,107 ,2 ,77 ,95 ,2 ,95 ,107 ,3 ,85 ,115 ,3 ,81 ,101 ,1 ,76 ,85 ,3 ,93 ,90 ,3 ,104 ,115 ,3 ,89 ,95 ,2 ,76 ,97 ,3 ,77 ,112 ,3 ,71 ,97 ,3 ,79 ,77 ,3 ,89 ,90 ,1 ,81 ,94 ,3 ,99 ,103 ,1 ,81 ,77 ,3 ,84 ,98 ,3 ,85 ,90 ,3 ,111 ,111 ,2 ,78 ,77 ,3 ,111 ,88 ,2 ,78 ,75 ,3 ,87 ,92 ,2 ,92 ,78 ,2 ,93 ,106 ,2 ,70 ,80 ,3 ,84 ,87 ,3 ,75 ,92 ,1 ,96 ,111 ,3 ,85 ,86 ,3 ,87 ,85 ,2 ,75 ,90 ,1 ,103 ,101 ,3 ,86 ,94 ,3 ,77 ,86 ,3 ,74 ,86 ,2 ,74 ,90 ,1 ,76 ,75 ,3 ,83 ,86 ,3 ,101 ,91 ,3 ,83 ,97 ,2 ,92 ,91 ,3 ,74 ,70 ,2 ,87 ,98 ,3 ,71 ,96 ,3 ,79 ,95 ,2 ,83 ,100 ,3 ,80 ,95 ,3 ,90 ,97 ,3 ,80 ,97 ,3 ,96 ,92 ,1 ,109 ,115 ,3 ,98 ,88 ,2 ,85 ,87 ,3 ,83 ,100 ,3 ,86 ,98 ,1 ,72 ,102 ,3 ,75 ,96) ,dim=c(3 ,153) ,dimnames=list(c('MOMAGE' ,'MC30VRB' ,'WISCRY7V') ,1:153)) y <- array(NA,dim=c(3,153),dimnames=list(c('MOMAGE','MC30VRB','WISCRY7V'),1:153)) for (i in 1:dim(x)[1]) { for (j in 1:dim(x)[2]) { y[i,j] <- as.numeric(x[i,j]) } } par3 = 'TRUE' par2 = '1' par1 = '2 3 ' ylab = 'Y Variable Name' xlab = 'X Variable Name' main = 'Title Goes Here' cat1 <- as.numeric(par1) # cat2<- as.numeric(par2) # intercept<-as.logical(par3) x <- t(x) x1<-as.numeric(x[,cat1]) f1<-as.character(x[,cat2]) xdf<-data.frame(x1,f1) (V1<-dimnames(y)[[1]][cat1]) (V2<-dimnames(y)[[1]][cat2]) names(xdf)<-c('Response', 'Treatment') if(intercept == FALSE) (lmxdf<-lm(Response ~ Treatment - 1, data = xdf) ) else (lmxdf<-lm(Response ~ Treatment, data = xdf) ) (aov.xdf<-aov(lmxdf) ) (anova.xdf<-anova(lmxdf) ) #Note: the /var/wessaorg/rcomp/createtable file can be downloaded at http://www.wessa.net/cretab load(file="/var/wessaorg/rcomp/createtable") a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'ANOVA Model', length(lmxdf$coefficients)+1,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, paste(V1, ' ~ ', V2), length(lmxdf$coefficients)+1,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, 'means',,TRUE) for(i in 1:length(lmxdf$coefficients)){ a<-table.element(a, round(lmxdf$coefficients[i], digits=3),,FALSE) } a<-table.row.end(a) a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/1og4e1352119779.tab") a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'ANOVA Statistics', 5+1,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, ' ',,TRUE) a<-table.element(a, 'Df',,FALSE) a<-table.element(a, 'Sum Sq',,FALSE) a<-table.element(a, 'Mean Sq',,FALSE) a<-table.element(a, 'F value',,FALSE) a<-table.element(a, 'Pr(>F)',,FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, V2,,TRUE) a<-table.element(a, anova.xdf$Df[1],,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Sum Sq'[1], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Mean Sq'[1], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'F value'[1], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Pr(>F)'[1], digits=3),,FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, 'Residuals',,TRUE) a<-table.element(a, anova.xdf$Df[2],,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Sum Sq'[2], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Mean Sq'[2], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, ' ',,FALSE) a<-table.element(a, ' ',,FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/2jz9r1352119779.tab") postscript(file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/37t151352119779.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) boxplot(Response ~ Treatment, data=xdf, xlab=V2, ylab=V1) dev.off() if(intercept==TRUE){ thsd<-TukeyHSD(aov.xdf) postscript(file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/4dpm41352119779.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) plot(thsd) dev.off() } if(intercept==TRUE){ a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Tukey Honest Significant Difference Comparisons', 5,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, ' ', 1, TRUE) for(i in 1:4){ a<-table.element(a,colnames(thsd[[1]])[i], 1, TRUE) } a<-table.row.end(a) for(i in 1:length(rownames(thsd[[1]]))){ a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,rownames(thsd[[1]])[i], 1, TRUE) for(j in 1:4){ a<-table.element(a,round(thsd[[1]][i,j], digits=3), 1, FALSE) } a<-table.row.end(a) } a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/5k07m1352119779.tab") } if(intercept==FALSE){ a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'TukeyHSD Message', 1,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Must Include Intercept to use Tukey Test ', 1, FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/6vott1352119779.tab") } library(car) lt.lmxdf<-levene.test(lmxdf) a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Levenes Test for Homogeneity of Variance', 4,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,' ', 1, TRUE) for (i in 1:3){ a<-table.element(a,names(lt.lmxdf)[i], 1, FALSE) } a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Group', 1, TRUE) for (i in 1:3){ a<-table.element(a,round(lt.lmxdf[[i]][1], digits=3), 1, FALSE) } a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,' ', 1, TRUE) a<-table.element(a,lt.lmxdf[[1]][2], 1, FALSE) a<-table.element(a,' ', 1, FALSE) a<-table.element(a,' ', 1, FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/7iln61352119779.tab") try(system("convert tmp/37t151352119779.ps tmp/37t151352119779.png",intern=TRUE)) try(system("convert tmp/4dpm41352119779.ps tmp/4dpm41352119779.png",intern=TRUE))