x <- array(list(36 ,1 ,88 ,56 ,2 ,94 ,48 ,2 ,90 ,32 ,2 ,73 ,44 ,1 ,68 ,39 ,2 ,80 ,34 ,2 ,86 ,41 ,3 ,86 ,50 ,3 ,91 ,39 ,1 ,79 ,62 ,3 ,96 ,52 ,2 ,92 ,37 ,3 ,72 ,50 ,2 ,96 ,41 ,1 ,70 ,55 ,2 ,86 ,41 ,2 ,87 ,56 ,3 ,88 ,39 ,2 ,79 ,52 ,1 ,90 ,46 ,2 ,95 ,44 ,2 ,85 ,41 ,2 ,90 ,50 ,3 ,115 ,50 ,3 ,84 ,44 ,2 ,79 ,52 ,1 ,94 ,54 ,2 ,97 ,44 ,2 ,86 ,52 ,3 ,111 ,37 ,2 ,87 ,52 ,3 ,98 ,50 ,3 ,87 ,36 ,1 ,68 ,50 ,1 ,88 ,52 ,3 ,82 ,55 ,3 ,111 ,31 ,2 ,75 ,36 ,1 ,94 ,49 ,1 ,95 ,42 ,1 ,80 ,37 ,2 ,95 ,41 ,2 ,68 ,30 ,1 ,94 ,52 ,1 ,88 ,30 ,3 ,84 ,44 ,1 ,101 ,66 ,2 ,98 ,48 ,3 ,78 ,43 ,2 ,109 ,57 ,2 ,102 ,46 ,1 ,81 ,54 ,3 ,97 ,48 ,3 ,75 ,48 ,2 ,97 ,62 ,1 ,101 ,58 ,3 ,101 ,58 ,2 ,95 ,62 ,2 ,95 ,46 ,2 ,95 ,34 ,1 ,90 ,66 ,2 ,107 ,52 ,3 ,92 ,55 ,2 ,86 ,55 ,1 ,70 ,57 ,3 ,95 ,56 ,1 ,96 ,55 ,2 ,91 ,56 ,3 ,87 ,54 ,1 ,92 ,55 ,3 ,97 ,46 ,2 ,102 ,52 ,1 ,91 ,32 ,2 ,68 ,44 ,1 ,88 ,46 ,2 ,97 ,59 ,2 ,90 ,46 ,3 ,101 ,46 ,3 ,94 ,54 ,3 ,101 ,66 ,3 ,109 ,56 ,2 ,100 ,59 ,2 ,103 ,57 ,2 ,94 ,52 ,3 ,97 ,48 ,1 ,85 ,44 ,1 ,75 ,41 ,2 ,77 ,50 ,1 ,87 ,48 ,3 ,78 ,48 ,2 ,108 ,59 ,2 ,97 ,46 ,2 ,106 ,54 ,2 ,107 ,55 ,2 ,95 ,54 ,3 ,107 ,59 ,2 ,115 ,44 ,2 ,101 ,54 ,3 ,85 ,52 ,3 ,90 ,66 ,3 ,115 ,44 ,2 ,95 ,57 ,2 ,97 ,39 ,1 ,112 ,60 ,3 ,97 ,45 ,2 ,77 ,41 ,2 ,90 ,50 ,2 ,94 ,39 ,2 ,103 ,43 ,2 ,77 ,48 ,1 ,98 ,37 ,2 ,90 ,58 ,2 ,111 ,46 ,1 ,77 ,43 ,1 ,88 ,44 ,2 ,75 ,34 ,3 ,92 ,30 ,1 ,78 ,50 ,3 ,106 ,39 ,1 ,80 ,37 ,2 ,87 ,55 ,2 ,92 ,39 ,1 ,86 ,36 ,3 ,85 ,43 ,2 ,90 ,50 ,3 ,101 ,55 ,2 ,94 ,43 ,2 ,86 ,60 ,3 ,86 ,48 ,2 ,90 ,30 ,3 ,75 ,43 ,2 ,86 ,39 ,1 ,91 ,52 ,2 ,97 ,39 ,1 ,91 ,39 ,1 ,70 ,56 ,1 ,98 ,59 ,1 ,96 ,46 ,2 ,95 ,57 ,2 ,100 ,50 ,2 ,95 ,54 ,1 ,97 ,50 ,3 ,97 ,60 ,3 ,92 ,59 ,3 ,115 ,41 ,2 ,88 ,48 ,1 ,87 ,59 ,2 ,100 ,60 ,3 ,98 ,56 ,2 ,102 ,51 ,1 ,96) ,dim=c(3 ,151) ,dimnames=list(c('MC30VRB' ,'MWARM30' ,'WISCRY7V') ,1:151)) y <- array(NA,dim=c(3,151),dimnames=list(c('MC30VRB','MWARM30','WISCRY7V'),1:151)) for (i in 1:dim(x)[1]) { for (j in 1:dim(x)[2]) { y[i,j] <- as.numeric(x[i,j]) } } par3 = 'TRUE' par2 = '2' par1 = '1' ylab = 'Y Variable Name' xlab = 'X Variable Name' main = 'Maternal Warmth and Verbal IQ' cat1 <- as.numeric(par1) # cat2<- as.numeric(par2) # intercept<-as.logical(par3) x <- t(x) x1<-as.numeric(x[,cat1]) f1<-as.character(x[,cat2]) xdf<-data.frame(x1,f1) (V1<-dimnames(y)[[1]][cat1]) (V2<-dimnames(y)[[1]][cat2]) names(xdf)<-c('Response', 'Treatment') if(intercept == FALSE) (lmxdf<-lm(Response ~ Treatment - 1, data = xdf) ) else (lmxdf<-lm(Response ~ Treatment, data = xdf) ) (aov.xdf<-aov(lmxdf) ) (anova.xdf<-anova(lmxdf) ) #Note: the /var/wessaorg/rcomp/createtable file can be downloaded at http://www.wessa.net/cretab load(file="/var/wessaorg/rcomp/createtable") a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'ANOVA Model', length(lmxdf$coefficients)+1,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, paste(V1, ' ~ ', V2), length(lmxdf$coefficients)+1,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, 'means',,TRUE) for(i in 1:length(lmxdf$coefficients)){ a<-table.element(a, round(lmxdf$coefficients[i], digits=3),,FALSE) } a<-table.row.end(a) a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/1nr5u1352159847.tab") a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'ANOVA Statistics', 5+1,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, ' ',,TRUE) a<-table.element(a, 'Df',,FALSE) a<-table.element(a, 'Sum Sq',,FALSE) a<-table.element(a, 'Mean Sq',,FALSE) a<-table.element(a, 'F value',,FALSE) a<-table.element(a, 'Pr(>F)',,FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, V2,,TRUE) a<-table.element(a, anova.xdf$Df[1],,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Sum Sq'[1], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Mean Sq'[1], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'F value'[1], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Pr(>F)'[1], digits=3),,FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, 'Residuals',,TRUE) a<-table.element(a, anova.xdf$Df[2],,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Sum Sq'[2], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, round(anova.xdf$'Mean Sq'[2], digits=3),,FALSE) a<-table.element(a, ' ',,FALSE) a<-table.element(a, ' ',,FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/2cnmn1352159847.tab") postscript(file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/38arm1352159847.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) boxplot(Response ~ Treatment, data=xdf, xlab=V2, ylab=V1) dev.off() if(intercept==TRUE){ thsd<-TukeyHSD(aov.xdf) postscript(file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/4qf8n1352159847.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) plot(thsd) dev.off() } if(intercept==TRUE){ a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Tukey Honest Significant Difference Comparisons', 5,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a, ' ', 1, TRUE) for(i in 1:4){ a<-table.element(a,colnames(thsd[[1]])[i], 1, TRUE) } a<-table.row.end(a) for(i in 1:length(rownames(thsd[[1]]))){ a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,rownames(thsd[[1]])[i], 1, TRUE) for(j in 1:4){ a<-table.element(a,round(thsd[[1]][i,j], digits=3), 1, FALSE) } a<-table.row.end(a) } a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/58w1f1352159847.tab") } if(intercept==FALSE){ a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'TukeyHSD Message', 1,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Must Include Intercept to use Tukey Test ', 1, FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/6gx1g1352159847.tab") } library(car) lt.lmxdf<-levene.test(lmxdf) a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Levenes Test for Homogeneity of Variance', 4,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,' ', 1, TRUE) for (i in 1:3){ a<-table.element(a,names(lt.lmxdf)[i], 1, FALSE) } a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Group', 1, TRUE) for (i in 1:3){ a<-table.element(a,round(lt.lmxdf[[i]][1], digits=3), 1, FALSE) } a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,' ', 1, TRUE) a<-table.element(a,lt.lmxdf[[1]][2], 1, FALSE) a<-table.element(a,' ', 1, FALSE) a<-table.element(a,' ', 1, FALSE) a<-table.row.end(a) a<-table.end(a) table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/7z6fq1352159847.tab") try(system("convert tmp/38arm1352159847.ps tmp/38arm1352159847.png",intern=TRUE)) try(system("convert tmp/4qf8n1352159847.ps tmp/4qf8n1352159847.png",intern=TRUE))