R version 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing"
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+ ,14.22
+ ,2.65464942
+ ,1994.4166666667
+ ,1
+ ,14.29
+ ,2.65955999
+ ,1994.5
+ ,0
+ ,14.2
+ ,2.65324196
+ ,1994.5833333333
+ ,2
+ ,14.19
+ ,2.65253749
+ ,1994.6666666667
+ ,2
+ ,14.25
+ ,2.65675691
+ ,1994.75
+ ,0
+ ,14.38
+ ,2.66583835
+ ,1994.8333333333
+ ,2
+ ,14.37
+ ,2.6651427
+ ,1994.9166666667
+ ,0
+ ,14.29
+ ,2.65955999
+ ,1995
+ ,0
+ ,14.44
+ ,2.67000213
+ ,1995.0833333333
+ ,0
+ ,14.7
+ ,2.68784749
+ ,1995.1666666667
+ ,0
+ ,14.44
+ ,2.67000213
+ ,1995.25
+ ,0
+ ,14.34
+ ,2.66305284
+ ,1995.3333333333
+ ,0
+ ,14.11
+ ,2.64688377
+ ,1995.4166666667
+ ,1
+ ,14.33
+ ,2.66235524
+ ,1995.5
+ ,5
+ ,14.46
+ ,2.67138622
+ ,1995.5833333333
+ ,7
+ ,14.37
+ ,2.6651427
+ ,1995.6666666667
+ ,3
+ ,14.24
+ ,2.65605491
+ ,1995.75
+ ,4
+ ,14.42
+ ,2.66861613
+ ,1995.8333333333
+ ,0
+ ,14.37
+ ,2.6651427
+ ,1995.9166666667
+ ,0
+ ,14.26
+ ,2.65745841
+ ,1996
+ ,0
+ ,14.23
+ ,2.65535241
+ ,1996.0833333333
+ ,0
+ ,14.43
+ ,2.66930937
+ ,1996.1666666667
+ ,0
+ ,14.25
+ ,2.65675691
+ ,1996.25
+ ,0
+ ,14.2
+ ,2.65324196
+ ,1996.3333333333
+ ,0
+ ,14.21
+ ,2.65394594
+ ,1996.4166666667
+ ,1
+ ,14.18
+ ,2.65183252
+ ,1996.5
+ ,2
+ ,14.3
+ ,2.66025954
+ ,1996.5833333333
+ ,4
+ ,14.32
+ ,2.66165716
+ ,1996.6666666667
+ ,2
+ ,14.16
+ ,2.65042109
+ ,1996.75
+ ,3
+ ,14.15
+ ,2.64971462
+ ,1996.8333333333
+ ,1
+ ,14.28
+ ,2.65885996
+ ,1996.9166666667
+ ,0
+ ,14.31
+ ,2.66095859
+ ,1997
+ ,0
+ ,14.27
+ ,2.65815943
+ ,1997.0833333333
+ ,0
+ ,14.31
+ ,2.66095859
+ ,1997.1666666667
+ ,0
+ ,14.46
+ ,2.67138622
+ ,1997.25
+ ,0
+ ,14.33
+ ,2.66235524
+ ,1997.3333333333
+ ,0
+ ,14.31
+ ,2.66095859
+ ,1997.4166666667
+ ,1
+ ,14.43
+ ,2.66930937
+ ,1997.5
+ ,3
+ ,14.28
+ ,2.65885996
+ ,1997.5833333333
+ ,0
+ ,14.36
+ ,2.66444656
+ ,1997.6666666667
+ ,1
+ ,14.45
+ ,2.67069441
+ ,1997.75
+ ,2
+ ,14.5
+ ,2.67414865
+ ,1997.8333333333
+ ,0
+ ,14.55
+ ,2.67759099
+ ,1997.9166666667
+ ,0
+ ,14.53
+ ,2.67621548
+ ,1998
+ ,0
+ ,14.55
+ ,2.67759099
+ ,1998.0833333333
+ ,0
+ ,14.83
+ ,2.69665216
+ ,1998.1666666667
+ ,0
+ ,14.56
+ ,2.67827804
+ ,1998.25
+ ,0
+ ,14.58
+ ,2.67965073
+ ,1998.3333333333
+ ,0
+ ,14.59
+ ,2.68033636
+ ,1998.4166666667
+ ,0
+ ,14.59
+ ,2.68033636
+ ,1998.5
+ ,1
+ ,14.67
+ ,2.68580459
+ ,1998.5833333333
+ ,4
+ ,14.6
+ ,2.68102153
+ ,1998.6666666667
+ ,6
+ ,14.43
+ ,2.66930937
+ ,1998.75
+ ,1
+ ,14.42
+ ,2.66861613
+ ,1998.8333333333
+ ,1
+ ,14.4
+ ,2.66722821
+ ,1998.9166666667
+ ,0
+ ,14.51
+ ,2.67483807
+ ,1999
+ ,0
+ ,14.45
+ ,2.67069441
+ ,1999.0833333333
+ ,0
+ ,14.64
+ ,2.68375751
+ ,1999.1666666667
+ ,0
+ ,14.27
+ ,2.65815943
+ ,1999.25
+ ,0
+ ,14.28
+ ,2.65885996
+ ,1999.3333333333
+ ,0
+ ,14.23
+ ,2.65535241
+ ,1999.4166666667
+ ,1
+ ,14.28
+ ,2.65885996
+ ,1999.5
+ ,0
+ ,14.26
+ ,2.65745841
+ ,1999.5833333333
+ ,4
+ ,14.27
+ ,2.65815943
+ ,1999.6666666667
+ ,3
+ ,14.25
+ ,2.65675691
+ ,1999.75
+ ,3
+ ,14.3
+ ,2.66025954
+ ,1999.8333333333
+ ,1
+ ,14.32
+ ,2.66165716
+ ,1999.9166666667
+ ,0
+ ,14.37
+ ,2.6651427
+ ,2000
+ ,0
+ ,14.21
+ ,2.65394594
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+ ,0
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+ ,2000.25
+ ,0
+ ,14.5
+ ,2.67414865
+ ,2000.3333333333
+ ,0
+ ,14.3
+ ,2.66025954
+ ,2000.4166666667
+ ,0
+ ,14.31
+ ,2.66095859
+ ,2000.5
+ ,0
+ ,14.28
+ ,2.65885996
+ ,2000.5833333333
+ ,4
+ ,14.37
+ ,2.6651427
+ ,2000.6666666667
+ ,7
+ ,14.29
+ ,2.65955999
+ ,2000.75
+ ,4
+ ,14.21
+ ,2.65394594
+ ,2000.8333333333
+ ,0
+ ,14.21
+ ,2.65394594
+ ,2000.9166666667
+ ,0
+ ,14.19
+ ,2.65253749
+ ,2001
+ ,0
+ ,14.38
+ ,2.66583835
+ ,2001.0833333333
+ ,0
+ ,14.4
+ ,2.66722821
+ ,2001.1666666667
+ ,0
+ ,14.56
+ ,2.67827804
+ ,2001.25
+ ,0
+ ,14.42
+ ,2.66861613
+ ,2001.3333333333
+ ,0
+ ,14.47
+ ,2.67207754
+ ,2001.4166666667
+ ,1
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+ ,2001.5
+ ,1
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+ ,2.67138622
+ ,2001.5833333333
+ ,3
+ ,14.45
+ ,2.67069441
+ ,2001.6666666667
+ ,5
+ ,14.45
+ ,2.67069441
+ ,2001.75
+ ,5
+ ,14.43
+ ,2.66930937
+ ,2001.8333333333
+ ,2
+ ,14.68
+ ,2.68648602
+ ,2001.9166666667
+ ,0
+ ,14.47
+ ,2.67207754
+ ,2002
+ ,0
+ ,14.74
+ ,2.69056489
+ ,2002.0833333333
+ ,0
+ ,14.75
+ ,2.69124308
+ ,2002.1666666667
+ ,0
+ ,14.81
+ ,2.69530263
+ ,2002.25
+ ,0
+ ,14.54
+ ,2.67690347
+ ,2002.3333333333
+ ,0
+ ,14.51
+ ,2.67483807
+ ,2002.4166666667
+ ,0
+ ,14.43
+ ,2.66930937
+ ,2002.5
+ ,1
+ ,14.53
+ ,2.67621548
+ ,2002.5833333333
+ ,3
+ ,14.43
+ ,2.66930937
+ ,2002.6666666667
+ ,8
+ ,14.46
+ ,2.67138622
+ ,2002.75
+ ,0
+ ,14.48
+ ,2.67276839
+ ,2002.8333333333
+ ,0
+ ,14.51
+ ,2.67483807
+ ,2002.9166666667
+ ,0
+ ,14.33
+ ,2.66235524)
+ ,dim=c(4
+ ,660)
+ ,dimnames=list(c('time'
+ ,'hurricanes'
+ ,'temperature'
+ ,'lnTemp')
+ ,1:660))
>  y <- array(NA,dim=c(4,660),dimnames=list(c('time','hurricanes','temperature','lnTemp'),1:660))
>  for (i in 1:dim(x)[1])
+  {
+  	for (j in 1:dim(x)[2])
+  	{
+  		y[i,j] <- as.numeric(x[i,j])
+  	}
+  }
> par1 = 'kendall'
> main = 'Scatter Plots and p-values'
> par1 <- 'kendall'
> #'GNU S' R Code compiled by R2WASP v. 1.2.327 ()
> #Author: root
> #To cite this work: Patrick Wessa, (2013), Multivariate Correlation Matrix (v1.0.7) in Free Statistics Software (v$_version), Office for Research Development and Education, URL http://www.wessa.net/Patrick.Wessa/rwasp_pairs.wasp/
> #Source of accompanying publication: 
> #
> panel.tau <- function(x, y, digits=2, prefix='', cex.cor)
+ {
+ usr <- par('usr'); on.exit(par(usr))
+ par(usr = c(0, 1, 0, 1))
+ rr <- cor.test(x, y, method=par1)
+ r <- round(rr$p.value,2)
+ txt <- format(c(r, 0.123456789), digits=digits)[1]
+ txt <- paste(prefix, txt, sep='')
+ if(missing(cex.cor)) cex <- 0.5/strwidth(txt)
+ text(0.5, 0.5, txt, cex = cex)
+ }
> panel.hist <- function(x, ...)
+ {
+ usr <- par('usr'); on.exit(par(usr))
+ par(usr = c(usr[1:2], 0, 1.5) )
+ h <- hist(x, plot = FALSE)
+ breaks <- h$breaks; nB <- length(breaks)
+ y <- h$counts; y <- y/max(y)
+ rect(breaks[-nB], 0, breaks[-1], y, col='grey', ...)
+ }
> postscript(file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/1qr4c1386600429.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) 
> pairs(t(y),diag.panel=panel.hist, upper.panel=panel.smooth, lower.panel=panel.tau, main=main)
> dev.off()
null device 
          1 
> 
> #Note: the /var/wessaorg/rcomp/createtable file can be downloaded at http://www.wessa.net/cretab
> load(file="/var/wessaorg/rcomp/createtable")
> 
> n <- length(y[,1])
> n
[1] 4
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,paste('Correlations for all pairs of data series (method=',par1,')',sep=''),n+1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,' ',header=TRUE)
> for (i in 1:n) {
+ a<-table.element(a,dimnames(t(x))[[2]][i],header=TRUE)
+ }
> a<-table.row.end(a)
> for (i in 1:n) {
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,dimnames(t(x))[[2]][i],header=TRUE)
+ for (j in 1:n) {
+ r <- cor.test(y[i,],y[j,],method=par1)
+ a<-table.element(a,round(r$estimate,3))
+ }
+ a<-table.row.end(a)
+ }
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/2dphq1386600429.tab") 
> ncorrs <- (n*n -n)/2
> mycorrs <- array(0, dim=c(10,3))
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Correlations for all pairs of data series with p-values',4,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'pair',1,TRUE)
> a<-table.element(a,'Pearson r',1,TRUE)
> a<-table.element(a,'Spearman rho',1,TRUE)
> a<-table.element(a,'Kendall tau',1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> cor.test(y[1,],y[2,],method=par1)

	Kendall's rank correlation tau

data:  y[1, ] and y[2, ]
z = 0.1494, p-value = 0.8812
alternative hypothesis: true tau is not equal to 0
sample estimates:
        tau 
0.004454514 

> for (i in 1:(n-1))
+ {
+ for (j in (i+1):n)
+ {
+ a<-table.row.start(a)
+ dum <- paste(dimnames(t(x))[[2]][i],';',dimnames(t(x))[[2]][j],sep='')
+ a<-table.element(a,dum,header=TRUE)
+ rp <- cor.test(y[i,],y[j,],method='pearson')
+ a<-table.element(a,round(rp$estimate,4))
+ rs <- cor.test(y[i,],y[j,],method='spearman')
+ a<-table.element(a,round(rs$estimate,4))
+ rk <- cor.test(y[i,],y[j,],method='kendall')
+ a<-table.element(a,round(rk$estimate,4))
+ a<-table.row.end(a)
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,'p-value',header=T)
+ a<-table.element(a,paste('(',round(rp$p.value,4),')',sep=''))
+ a<-table.element(a,paste('(',round(rs$p.value,4),')',sep=''))
+ a<-table.element(a,paste('(',round(rk$p.value,4),')',sep=''))
+ a<-table.row.end(a)
+ for (iii in 1:10) {
+ iiid100 <- iii / 100
+ if (rp$p.value < iiid100) mycorrs[iii, 1] = mycorrs[iii, 1] + 1
+ if (rs$p.value < iiid100) mycorrs[iii, 2] = mycorrs[iii, 2] + 1
+ if (rk$p.value < iiid100) mycorrs[iii, 3] = mycorrs[iii, 3] + 1
+ }
+ }
+ }
Warning messages:
1: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-value with ties
2: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-value with ties
3: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-value with ties
4: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-value with ties
5: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-value with ties
6: In cor.test.default(y[i, ], y[j, ], method = "spearman") :
  Cannot compute exact p-value with ties
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/3lx8f1386600429.tab") 
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Meta Analysis of Correlation Tests',4,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Number of significant by total number of Correlations',4,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Type I error',1,TRUE)
> a<-table.element(a,'Pearson r',1,TRUE)
> a<-table.element(a,'Spearman rho',1,TRUE)
> a<-table.element(a,'Kendall tau',1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> for (iii in 1:10) {
+ iiid100 <- iii / 100
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,round(iiid100,2),header=T)
+ a<-table.element(a,round(mycorrs[iii,1]/ncorrs,2))
+ a<-table.element(a,round(mycorrs[iii,2]/ncorrs,2))
+ a<-table.element(a,round(mycorrs[iii,3]/ncorrs,2))
+ a<-table.row.end(a)
+ }
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/wessaorg/rcomp/tmp/4q9g21386600429.tab") 
> 
> try(system("convert tmp/1qr4c1386600429.ps tmp/1qr4c1386600429.png",intern=TRUE))
character(0)
> 
> 
> proc.time()
   user  system elapsed 
 12.097   2.682  15.137