R version 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> x <- array(list(89
+ ,81
+ ,83
+ ,95
+ ,81
+ ,84
+ ,90
+ ,91
+ ,102
+ ,87
+ ,90
+ ,97
+ ,82
+ ,96
+ ,75
+ ,91
+ ,91
+ ,88
+ ,82
+ ,85
+ ,92
+ ,84
+ ,87
+ ,87
+ ,71
+ ,74
+ ,94
+ ,92
+ ,89
+ ,92
+ ,80
+ ,78
+ ,88
+ ,84
+ ,85
+ ,91
+ ,62
+ ,71
+ ,77
+ ,84
+ ,81
+ ,80
+ ,77
+ ,72
+ ,63
+ ,69
+ ,80
+ ,73
+ ,80
+ ,87
+ ,73
+ ,84
+ ,75
+ ,73
+ ,87
+ ,72
+ ,85
+ ,84
+ ,84
+ ,77
+ ,96
+ ,90
+ ,80
+ ,85
+ ,91
+ ,86
+ ,80
+ ,87
+ ,77
+ ,89
+ ,87
+ ,82
+ ,85
+ ,89
+ ,67
+ ,83
+ ,90
+ ,82
+ ,89
+ ,110
+ ,98
+ ,86
+ ,72
+ ,73
+ ,89
+ ,95
+ ,89
+ ,91
+ ,96
+ ,99
+ ,73
+ ,72
+ ,63
+ ,90
+ ,88
+ ,90
+ ,88
+ ,70
+ ,97
+ ,77
+ ,73
+ ,78
+ ,86
+ ,79
+ ,77
+ ,88
+ ,86
+ ,100
+ ,83
+ ,92
+ ,96
+ ,88
+ ,67
+ ,73
+ ,91
+ ,93
+ ,84
+ ,88
+ ,89
+ ,95
+ ,98
+ ,97
+ ,94
+ ,102
+ ,94
+ ,93
+ ,80
+ ,75
+ ,70
+ ,103
+ ,88
+ ,91
+ ,84
+ ,88
+ ,100
+ ,84
+ ,77
+ ,81
+ ,90
+ ,105
+ ,88
+ ,87
+ ,89
+ ,98
+ ,92
+ ,82
+ ,97
+ ,88
+ ,104
+ ,88
+ ,86
+ ,89
+ ,78
+ ,93
+ ,89
+ ,90
+ ,117
+ ,114
+ ,108
+ ,101
+ ,107
+ ,85
+ ,88
+ ,81
+ ,81
+ ,88
+ ,96
+ ,79
+ ,86
+ ,73
+ ,96
+ ,113
+ ,111
+ ,107
+ ,78
+ ,82
+ ,84
+ ,95
+ ,84
+ ,82
+ ,104
+ ,110
+ ,104
+ ,99
+ ,83
+ ,98
+ ,89
+ ,93
+ ,87
+ ,85
+ ,82
+ ,84
+ ,99
+ ,114
+ ,98
+ ,105
+ ,105
+ ,99
+ ,84
+ ,91
+ ,89
+ ,105
+ ,100
+ ,89
+ ,89
+ ,97
+ ,93
+ ,96
+ ,111
+ ,105
+ ,95
+ ,97
+ ,89
+ ,88
+ ,90
+ ,94
+ ,58
+ ,68
+ ,63
+ ,93
+ ,87
+ ,92
+ ,77
+ ,72
+ ,84
+ ,93
+ ,90
+ ,81
+ ,77
+ ,81
+ ,82
+ ,69
+ ,67
+ ,NA
+ ,98
+ ,102
+ ,105
+ ,83
+ ,84
+ ,86
+ ,58
+ ,62
+ ,70
+ ,83
+ ,84
+ ,90
+ ,81
+ ,102
+ ,94
+ ,93
+ ,96
+ ,101
+ ,92
+ ,84
+ ,101
+ ,69
+ ,67
+ ,73
+ ,94
+ ,75
+ ,83
+ ,86
+ ,90
+ ,88
+ ,87
+ ,102
+ ,88
+ ,90
+ ,83
+ ,90
+ ,75
+ ,62
+ ,69
+ ,87
+ ,78
+ ,84
+ ,80
+ ,100
+ ,94
+ ,92
+ ,100
+ ,89
+ ,84
+ ,82
+ ,82
+ ,75
+ ,67
+ ,73
+ ,87
+ ,78
+ ,82
+ ,89
+ ,94
+ ,98
+ ,114
+ ,106
+ ,109
+ ,88
+ ,89
+ ,82
+ ,97
+ ,88
+ ,86
+ ,87
+ ,89
+ ,77
+ ,102
+ ,85
+ ,99
+ ,113
+ ,111
+ ,107
+ ,80
+ ,97
+ ,82
+ ,102
+ ,88
+ ,84
+ ,112
+ ,114
+ ,114
+ ,101
+ ,94
+ ,93
+ ,104
+ ,105
+ ,99
+ ,87
+ ,111
+ ,96
+ ,75
+ ,100
+ ,91
+ ,105
+ ,111
+ ,107
+ ,82
+ ,72
+ ,81
+ ,101
+ ,105
+ ,95
+ ,92
+ ,106
+ ,102
+ ,79
+ ,97
+ ,89
+ ,102
+ ,78
+ ,101
+ ,86
+ ,83
+ ,82
+ ,73
+ ,80
+ ,72
+ ,95
+ ,105
+ ,92
+ ,78
+ ,88
+ ,91
+ ,104
+ ,69
+ ,100
+ ,74
+ ,62
+ ,83
+ ,79
+ ,80
+ ,75
+ ,92
+ ,93
+ ,102
+ ,86
+ ,87
+ ,94
+ ,97
+ ,87
+ ,103
+ ,81
+ ,67
+ ,83
+ ,92
+ ,109
+ ,93
+ ,92
+ ,92
+ ,92
+ ,91
+ ,91
+ ,88
+ ,95
+ ,102
+ ,102
+ ,102
+ ,110
+ ,110
+ ,97
+ ,90
+ ,98
+ ,89
+ ,98
+ ,100
+ ,87
+ ,98
+ ,94
+ ,98
+ ,99
+ ,88
+ ,94
+ ,94
+ ,83
+ ,117
+ ,95
+ ,119
+ ,105
+ ,101
+ ,107
+ ,92
+ ,97
+ ,98
+ ,94
+ ,96
+ ,107
+ ,70
+ ,88
+ ,90
+ ,88
+ ,94
+ ,91
+ ,63
+ ,72
+ ,69
+ ,105
+ ,105
+ ,83
+ ,91
+ ,102
+ ,98
+ ,113
+ ,105
+ ,100
+ ,106
+ ,95
+ ,98
+ ,69
+ ,84
+ ,77
+ ,81
+ ,93
+ ,81
+ ,69
+ ,72
+ ,74
+ ,98
+ ,90
+ ,93
+ ,100
+ ,96
+ ,92
+ ,88
+ ,80
+ ,91
+ ,113
+ ,94
+ ,100
+ ,95
+ ,75
+ ,86
+ ,88
+ ,107
+ ,92
+ ,105
+ ,109
+ ,95
+ ,104
+ ,103
+ ,93
+ ,90
+ ,75
+ ,87
+ ,94
+ ,95
+ ,89
+ ,58
+ ,72
+ ,63
+ ,91
+ ,73
+ ,86
+ ,86
+ ,77
+ ,89
+ ,103
+ ,110
+ ,97
+ ,112
+ ,93
+ ,108
+ ,95
+ ,84
+ ,82
+ ,71
+ ,72
+ ,99
+ ,69
+ ,67
+ ,73
+ ,98
+ ,91
+ ,90
+ ,86
+ ,73
+ ,93
+ ,87
+ ,95
+ ,91
+ ,108
+ ,84
+ ,97
+ ,98
+ ,111
+ ,82
+ ,83
+ ,79
+ ,93
+ ,117
+ ,105
+ ,119
+ ,102
+ ,91
+ ,89
+ ,98
+ ,90
+ ,97
+ ,94
+ ,92
+ ,86
+ ,98
+ ,105
+ ,108
+ ,113
+ ,107
+ ,89
+ ,90
+ ,90
+ ,101
+ ,113
+ ,111
+ ,107
+ ,84
+ ,92
+ ,96
+ ,93
+ ,89
+ ,90
+ ,86
+ ,95
+ ,97
+ ,105
+ ,110
+ ,104
+ ,68
+ ,75
+ ,69
+ ,88
+ ,98
+ ,96
+ ,86
+ ,92
+ ,89
+ ,90
+ ,95
+ ,93
+ ,77
+ ,100
+ ,84
+ ,92
+ ,84
+ ,104
+ ,83
+ ,82
+ ,79
+ ,81
+ ,73
+ ,83
+ ,90
+ ,102
+ ,103
+ ,86
+ ,86
+ ,92
+ ,107
+ ,104
+ ,92
+ ,85
+ ,98
+ ,83
+ ,102
+ ,98
+ ,104
+ ,86
+ ,90
+ ,83
+ ,90
+ ,95
+ ,102
+ ,97
+ ,97
+ ,96
+ ,113
+ ,114
+ ,106
+ ,103
+ ,106
+ ,84
+ ,86
+ ,93
+ ,93
+ ,102
+ ,106
+ ,107
+ ,105
+ ,110
+ ,108
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,110
+ ,104
+ ,119
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,82
+ ,91
+ ,102
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,89
+ ,79
+ ,83
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,99
+ ,97
+ ,92
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,113
+ ,102
+ ,119
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,91
+ ,77
+ ,100
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,92
+ ,105
+ ,97
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,86
+ ,95
+ ,103
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,91
+ ,104
+ ,95
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,82
+ ,75
+ ,73
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,86
+ ,82
+ ,86
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,86
+ ,91
+ ,88
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,102
+ ,105
+ ,102
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,84
+ ,71
+ ,87
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,80
+ ,89
+ ,100
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,96
+ ,79
+ ,88
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,117
+ ,113
+ ,100
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,88
+ ,82
+ ,79
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,99
+ ,102
+ ,90
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,89
+ ,82
+ ,83
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,86
+ ,92
+ ,95
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,98
+ ,82
+ ,89
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,58
+ ,86
+ ,64
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,98
+ ,108
+ ,108
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,58
+ ,74
+ ,80
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,81
+ ,87
+ ,83
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,90
+ ,97
+ ,96
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,112
+ ,102
+ ,108
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,84
+ ,75
+ ,86
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,84
+ ,82
+ ,88
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,75
+ ,72
+ ,97
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,78
+ ,88
+ ,110
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,94
+ ,97
+ ,102
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,75
+ ,85
+ ,92
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,82
+ ,62
+ ,91
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,87
+ ,95
+ ,92
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,59
+ ,95
+ ,72
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,68
+ ,72
+ ,88
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,80
+ ,92
+ ,99
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,94
+ ,91
+ ,95
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,87
+ ,97
+ ,83
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,70
+ ,78
+ ,68
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,113
+ ,95
+ ,101
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,99
+ ,91
+ ,91
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,90
+ ,95
+ ,89
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,102
+ ,88
+ ,98
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,80
+ ,92
+ ,89
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,98
+ ,97
+ ,98
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,98
+ ,104
+ ,97
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,95
+ ,113
+ ,98
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,104
+ ,113
+ ,113
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,86
+ ,82
+ ,83
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,84
+ ,90
+ ,92
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,85
+ ,91
+ ,113
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,90
+ ,95
+ ,103
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,86
+ ,102
+ ,96
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA
+ ,97
+ ,92
+ ,94
+ ,NA
+ ,NA
+ ,NA)
+ ,dim=c(6
+ ,162)
+ ,dimnames=list(c('WJ7ARD'
+ ,'WJ7AMA'
+ ,'WJ7AKN'
+ ,'WJ10ARD'
+ ,'WJ10AMA'
+ ,'WJ10AKN')
+ ,1:162))
>  y <- array(NA,dim=c(6,162),dimnames=list(c('WJ7ARD','WJ7AMA','WJ7AKN','WJ10ARD','WJ10AMA','WJ10AKN'),1:162))
>  for (i in 1:dim(x)[1])
+  {
+  	for (j in 1:dim(x)[2])
+  	{
+  		y[i,j] <- as.numeric(x[i,j])
+  	}
+  }
> par3 = '20'
> par2 = 'TRUE'
> par1 = '2'
> ylab = 'Test Scores'
> xlab = 'CARE Variable Names'
> main = 'CARE AGE 7 DATA'
> par1 <- as.numeric(par1) #colour
> par2<- as.logical(par2) # Notches ?
> par3<-as.numeric(par3) # % trim
> if(par3>45){par3<-45;warning('trim limited to 45%')}
> if(par3<0){par3<-0;warning('negative trim makes no sense. Trim is zero.')}
> lotrm<-as.integer(length(y[1,])*par3/100)+1
> hitrm<-as.integer(length(y[1,])*(100-par3)/100)
> y1<-array(dim=c(dim(y)[1], hitrm-lotrm+1), dimnames=list(dimnames(y)[[1]], 1:(hitrm-lotrm+1) ))
> for(i in 1:dim(y)[1]){
+ tmp<-order(y[i,])
+ y1[i,]<- y[i, tmp[lotrm:hitrm] ]
+ }
> postscript(file="/var/fisher/rcomp/tmp/170sy1382366819.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) 
> pairs(t(y))
> dev.off()
null device 
          1 
> y<-y1
> z <- as.data.frame(t(y))
> postscript(file="/var/fisher/rcomp/tmp/2epy21382366819.ps",horizontal=F,onefile=F,pagecentre=F,paper="special",width=8.3333333333333,height=5.5555555555556) 
> (r<-boxplot(z ,xlab=xlab,ylab=ylab,main=main,notch=par2,col=par1))
$stats
     [,1] [,2] [,3]  [,4]  [,5]  [,6]
[1,]   80   78   82  87.0  84.0  84.0
[2,]   85   86   88  89.5  89.5  90.0
[3,]   88   91   92  94.0  94.5  93.0
[4,]   92   95   97 102.5 104.5  98.5
[5,]   98  102  101 113.0 111.0 107.0

$n
[1] 97 97 97 72 72 71

$conf
         [,1]     [,2]     [,3]     [,4]     [,5]     [,6]
[1,] 86.87703 89.55618 90.55618 91.57934 91.70693 91.40615
[2,] 89.12297 92.44382 93.44382 96.42066 97.29307 94.59385

$out
numeric(0)

$group
numeric(0)

$names
[1] "WJ7ARD"  "WJ7AMA"  "WJ7AKN"  "WJ10ARD" "WJ10AMA" "WJ10AKN"

> dev.off()
null device 
          1 
> 
> #Note: the /var/fisher/rcomp/createtable file can be downloaded at http://www.wessa.net/cretab
> load(file="/var/fisher/rcomp/createtable")
> 
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/overview.htm','Boxplot statistics','Boxplot overview'),6,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Variable',1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/lower_whisker.htm','lower whisker','definition of lower whisker'),1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/lower_hinge.htm','lower hinge','definition of lower hinge'),1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/central_tendency.htm','median','definitions about measures of central tendency'),1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/upper_hinge.htm','upper hinge','definition of upper hinge'),1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/upper_whisker.htm','upper whisker','definition of upper whisker'),1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> for (i in 1:length(y[,1]))
+ {
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,dimnames(t(x))[[2]][i],1,TRUE)
+ for (j in 1:5)
+ {
+ a<-table.element(a,round(r$stats[j,i], digits=2))
+ }
+ a<-table.row.end(a)
+ }
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/fisher/rcomp/tmp/3w5dt1382366819.tab") 
> if (par2){
+ a<-table.start()
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,'Boxplot Notches',4,TRUE)
+ a<-table.row.end(a)
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,'Variable',1,TRUE)
+ a<-table.element(a,'lower bound',1,TRUE)
+ a<-table.element(a,'median',1,TRUE)
+ a<-table.element(a,'upper bound',1,TRUE)
+ a<-table.row.end(a)
+ for (i in 1:length(y[,1]))
+ {
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,dimnames(t(x))[[2]][i],1,TRUE)
+ a<-table.element(a,round(r$conf[1,i], digits=2))
+ a<-table.element(a, round(r$stats[3,i], digits=2))
+ a<-table.element(a,round(r$conf[2,i], digits=2))
+ a<-table.row.end(a)
+ }
+ a<-table.end(a)
+ table.save(a,file="/var/fisher/rcomp/tmp/4x2i81382366820.tab") 
+ }
> a<-table.start()
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Boxplot Means',4,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> a<-table.row.start(a)
> a<-table.element(a,'Variable',1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/trimmed_mean.htm','trimmed mean','definition of trimmed mean'),1,TRUE)
> a<-table.element(a,hyperlink('http://www.xycoon.com/unbiased1.htm','unbiased SD','definition of unbiased SD'),1,TRUE)
> a<-table.row.end(a)
> for (i in 1:length(y[,1]))
+ {
+ a<-table.row.start(a)
+ a<-table.element(a,dimnames(t(x))[[2]][i],1,TRUE)
+ a<-table.element(a,round(mean(unlist(z[i]), trim=par3/100, na.rm=TRUE), digits=2))
+ a<-table.element(a,round(sd(unlist(z[i]), na.rm=TRUE), digits=2))
+ a<-table.row.end(a)
+ }
> a<-table.end(a)
> table.save(a,file="/var/fisher/rcomp/tmp/5doru1382366820.tab") 
> 
> try(system("convert tmp/170sy1382366819.ps tmp/170sy1382366819.png",intern=TRUE))
character(0)
> try(system("convert tmp/2epy21382366819.ps tmp/2epy21382366819.png",intern=TRUE))
character(0)
> 
> 
> proc.time()
   user  system elapsed 
  2.019   0.438   2.441