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Description of Statistical Computation

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Author*Unverified author*
R Software Modulerwasp_hierarchicalclustering.wasp
Title produced by softwareHierarchical Clustering
Date of computationFri, 21 Feb 2020 09:35:01 +0100
Cite this page as followsStatistical Computations at FreeStatistics.org, Office for Research Development and Education, URL https://freestatistics.org/blog/index.php?v=date/2020/Feb/21/t1582274121nrh2gbktgommtx0.htm/, Retrieved Sat, 20 Apr 2024 12:35:07 +0000
Statistical Computations at FreeStatistics.org, Office for Research Development and Education, URL https://freestatistics.org/blog/index.php?pk=319080, Retrieved Sat, 20 Apr 2024 12:35:07 +0000
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-       [Hierarchical Clustering] [] [2020-02-21 08:35:01] [d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e] [Current]
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180.500	177.333	160.167	130.000	159.500	171.250
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159.000	160.000	109.000	157.667	164.250	131.400
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1706.000	1752.000	960.000	1184.889	1535.000	1487.000
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153.000	190.857	240.667	185.333	202.333	165.800
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101.000	162.000	108.000	125.333	137.667	144.000
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167.750	113.000	164.500	170.667	220.000	211.000
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157.333	140.250	168.200	150.667	169.667	173.400
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173.500	160.000	802.000	171.500	145.000	238.000
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1215.667	1434.889	1173.571	838.286	1161.714	1251.000
209.500	140.000	139.000	155.800	210.000	227.167
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166.833	101.000	167.667	171.000	106.000	103.000
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179.833	204.500	141.000	148.000	112.000	104.000
165.800	124.250	119.000	118.000	130.875	119.000
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180.500	174.000	164.400	187.000	167.000	170.000
176.400	154.000	159.000	175.000	170.000	169.000
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152.333	172.833	158.600	148.750	173.000	171.000

Tables (Output of Computation)





Summary of computational transaction
Raw Input view raw input (R code)
Raw Outputview raw output of R engine
Computing time3 seconds
R ServerBig Analytics Cloud Computing Center

\begin{tabular}{lllllllll}
\hline
Summary of computational transaction \tabularnewline
Raw Input view raw input (R code)  \tabularnewline
Raw Outputview raw output of R engine  \tabularnewline
Computing time3 seconds \tabularnewline
R ServerBig Analytics Cloud Computing Center \tabularnewline
\hline
\end{tabular}
%Source: https://freestatistics.org/blog/index.php?pk=319080&T=0

[TABLE]
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Summary of computational transaction[/C][/ROW] [ROW]Raw Input[/C] view raw input (R code) [/C][/ROW] [ROW]Raw Output[/C]view raw output of R engine [/C][/ROW] [ROW]Computing time[/C]3 seconds[/C][/ROW] [ROW]R Server[/C]Big Analytics Cloud Computing Center[/C][/ROW] [/TABLE] Source: https://freestatistics.org/blog/index.php?pk=319080&T=0

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Summary of computational transaction
Raw Input view raw input (R code)
Raw Outputview raw output of R engine
Computing time3 seconds
R ServerBig Analytics Cloud Computing Center






Summary of Dendrogram
LabelHeight
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977279516.406760173
978496287.348318252

\begin{tabular}{lllllllll}
\hline
Summary of Dendrogram \tabularnewline
Label & Height \tabularnewline
1 & 11.6302694293812 \tabularnewline
2 & 12.0257320359303 \tabularnewline
3 & 13.4837865601618 \tabularnewline
4 & 14.3094846517965 \tabularnewline
5 & 14.4887050491064 \tabularnewline
6 & 15.2377096704196 \tabularnewline
7 & 15.9133213377975 \tabularnewline
8 & 16.1139690951671 \tabularnewline
9 & 17.9713629143702 \tabularnewline
10 & 18.1024277101167 \tabularnewline
11 & 18.2208671582886 \tabularnewline
12 & 19.2972577071348 \tabularnewline
13 & 19.5905480780911 \tabularnewline
14 & 19.7563926363089 \tabularnewline
15 & 19.7647116599256 \tabularnewline
16 & 20.0375272925578 \tabularnewline
17 & 20.174241001832 \tabularnewline
18 & 20.1980945883516 \tabularnewline
19 & 20.351482992647 \tabularnewline
20 & 20.4893237809353 \tabularnewline
21 & 20.537917956794 \tabularnewline
22 & 20.5458403576004 \tabularnewline
23 & 20.6139620160706 \tabularnewline
24 & 20.7723828435738 \tabularnewline
25 & 21.1146084737558 \tabularnewline
26 & 21.3915871313935 \tabularnewline
27 & 21.4822588197796 \tabularnewline
28 & 21.5667749559363 \tabularnewline
29 & 21.8287312104459 \tabularnewline
30 & 22.2029060485334 \tabularnewline
31 & 22.2818715775852 \tabularnewline
32 & 22.7999885964884 \tabularnewline
33 & 23.072600395274 \tabularnewline
34 & 23.1884841246684 \tabularnewline
35 & 23.2320137741006 \tabularnewline
36 & 23.2478305654528 \tabularnewline
37 & 24.0198526015461 \tabularnewline
38 & 24.1880652388735 \tabularnewline
39 & 24.2742213712072 \tabularnewline
40 & 24.7869315164261 \tabularnewline
41 & 25.0706339169954 \tabularnewline
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952 & 4924.86625870056 \tabularnewline
953 & 5385.33612274455 \tabularnewline
954 & 5471.41415820719 \tabularnewline
955 & 5551.38147789175 \tabularnewline
956 & 5684.72313256451 \tabularnewline
957 & 7138.69430413402 \tabularnewline
958 & 7212.92038540739 \tabularnewline
959 & 8011.79137272059 \tabularnewline
960 & 8203.6200101059 \tabularnewline
961 & 8481.01355971089 \tabularnewline
962 & 9163.92847122947 \tabularnewline
963 & 10722.6918512584 \tabularnewline
964 & 11135.2250087011 \tabularnewline
965 & 11990.4819576559 \tabularnewline
966 & 13200.4355208574 \tabularnewline
967 & 16922.8614345234 \tabularnewline
968 & 17703.2907295642 \tabularnewline
969 & 22386.6466732873 \tabularnewline
970 & 28294.8805378214 \tabularnewline
971 & 29768.8333805082 \tabularnewline
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973 & 36519.2401022207 \tabularnewline
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975 & 121051.917881089 \tabularnewline
976 & 149191.824020082 \tabularnewline
977 & 279516.406760173 \tabularnewline
978 & 496287.348318252 \tabularnewline
\hline
\end{tabular}
%Source: https://freestatistics.org/blog/index.php?pk=319080&T=1

[TABLE]
[ROW][C]Summary of Dendrogram[/C][/ROW]
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Source: https://freestatistics.org/blog/index.php?pk=319080&T=1

Globally Unique Identifier (entire table): ba.freestatistics.org/blog/index.php?pk=319080&T=1

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The GUIDs for individual cells are displayed in the table below:

Summary of Dendrogram
LabelHeight
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9608203.6200101059
9618481.01355971089
9629163.92847122947
96310722.6918512584
96411135.2250087011
96511990.4819576559
96613200.4355208574
96716922.8614345234
96817703.2907295642
96922386.6466732873
97028294.8805378214
97129768.8333805082
97230642.5942864341
97336519.2401022207
97466881.0640344475
975121051.917881089
976149191.824020082
977279516.406760173
978496287.348318252


Figures (Output of Computation)

Input Parameters & R Code

Parameters (Session):
par1 = ward ; par2 = ALL ; par3 = FALSE ; par4 = FALSE ;
Parameters (R input):
par1 = ward ; par2 = ALL ; par3 = FALSE ; par4 = FALSE ;
R code (references can be found in the software module):
par4 <- 'FALSE'
par3 <- 'FALSE'
par2 <- 'ALL'
par1 <- 'ward'
par3 <- as.logical(par3)
par4 <- as.logical(par4)
if (par3 == 'TRUE'){
dum = xlab
xlab = ylab
ylab = dum
}
x <- t(y)
hc <- hclust(dist(x),method=par1)
d <- as.dendrogram(hc)
str(d)
mysub <- paste('Method: ',par1)
bitmap(file='test1.png')
if (par4 == 'TRUE'){
plot(d,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8),type='t',center=T, sub=mysub)
} else {
plot(d,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8), sub=mysub)
}
dev.off()
if (par2 != 'ALL'){
if (par3 == 'TRUE'){
ylab = 'cluster'
} else {
xlab = 'cluster'
}
par2 <- as.numeric(par2)
memb <- cutree(hc, k = par2)
cent <- NULL
for(k in 1:par2){
cent <- rbind(cent, colMeans(x[memb == k, , drop = FALSE]))
}
hc1 <- hclust(dist(cent),method=par1, members = table(memb))
de <- as.dendrogram(hc1)
bitmap(file='test2.png')
if (par4 == 'TRUE'){
plot(de,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8),type='t',center=T, sub=mysub)
} else {
plot(de,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8), sub=mysub)
}
dev.off()
str(de)
}
load(file='createtable')
a<-table.start()
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,'Summary of Dendrogram',2,TRUE)
a<-table.row.end(a)
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,'Label',header=TRUE)
a<-table.element(a,'Height',header=TRUE)
a<-table.row.end(a)
num <- length(x[,1])-1
for (i in 1:num)
{
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,hc$labels[i])
a<-table.element(a,hc$height[i])
a<-table.row.end(a)
}
a<-table.end(a)
table.save(a,file='mytable1.tab')
if (par2 != 'ALL'){
a<-table.start()
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,'Summary of Cut Dendrogram',2,TRUE)
a<-table.row.end(a)
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,'Label',header=TRUE)
a<-table.element(a,'Height',header=TRUE)
a<-table.row.end(a)
num <- par2-1
for (i in 1:num)
{
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,i)
a<-table.element(a,hc1$height[i])
a<-table.row.end(a)
}
a<-table.end(a)
table.save(a,file='mytable2.tab')
}